Monocle3单细胞拟时分析
很久没有做拟时了，之前在官网上看到这样一个消息，我想还是需要解读和演示下monocle3。
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http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/
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Monocle原理算法文章参考：
http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/papers/monocle2、monocle3 alpha废弃并不代表不能用了，结果不好了，只是Monocle3更新了功能，优化了分析而已，而且分析操作更简单、简洁（个人感觉）。话不多说，还是直接进入Monocle3，看看怎么进行单细胞拟时分析吧！
https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/Monocle3主要可执行三种分析功能:
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Clustering, classifying, and counting cells. Single-cell RNA-Seq experiments allow you to discover new (and possibly rare) subtypes of cells. Monocle 3 helps you identify them.
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Constructing single-cell trajectories. In development, disease, and throughout life, cells transition from one state to another. Monocle 3 helps you discover these transitions.
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Differential expression analysis. Characterizing new cell types and states begins with comparisons to other, better understood cells. Monocle 3 includes a sophisticated, but easy-to-use system for differential expression.
Monocle 3是基于R环境分析的，R版本需4.1.0或更高、Bioconductor版本3.14及以上和monocle3 1.2.7或更高版本才能访问最新功能。总之，重新安装下Monocle3，其他依赖包也更新下！注意：我安装的时候出现了问题，Matrix.utils包不适用于monocle3，按照BiocManager去安装更新，结果一众大包都不能正常加载了，后来更新了Rtools，总算正常了，可是monocle3依然不行。最后选择直接下载Matrix.utils压缩包安装，就成功了。
拟时推断：
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可视化1：module
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可视化2：gene expression
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可视化3：分组
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