NAR2019数据库总结——Cistrome-GO chip-s
2019-07-14 本文已影响9人
drlee_fc74
Cistrome-GO是对
chip-seq数据得到的转录因子调控的基因进行富集分析的网站。它同时可以结合表达谱数据来对数据进行进一步的观察
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输入
Cistrome-GO目前支持 人和小鼠的chip-seq的分析。我们在输入的时候，需要输入chip-seq分析得到的bed文件。如果有相对应的表达谱数据的话。可以再输入差异表达分析后结果。默认的是使用DEseq2分析的结果。这个可以通过数据库选项进行调整。
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输出
我们使用网站自带的demo例子查看数据库的输出。我们来看一下chip-seq + DEGs 的结果显示是什么样子的。
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结果当中总共包括五个部分。分别是
- 对于提交数据的一个总结
-
chip-seq相关的bed文件的具体分布 -
chip-seq+DEGs综合的结果 - 按照得分得到的调控的基因。
- 对这些基因的富集分析结果。
Peak Distribution
我们在这个部分可以查看bed文件当中不同top的峰在转录起始位置分布的百分比。
下图可以看出所有结果的不同排名，位于转录起始位点上的峰有多少个。
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Association with DEGs
通过chip-seq数据结合DEGs数据来查看，观察结果的可信度。结果通过ROC曲线和PR曲线来展示。
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Gene Rank by Rank Product
综合上述的数据来得到调控的基因。首先数据是通过表格的形式来展示的。
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另外通过基因浏览器。我们也可以可视化详细结果
enrichment analysis
富集分析的结果是通过经典的GO分析+KEGG分析来分别展示的。其中GO分析还分成了三个部分。
结果的展示也是通过表格的形式展示的。
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