第三天学习生信啦

感觉今天也是懵逼的一天

今天的学习内容是linux环境下的软件安装

1.什么是conda

可以理解为是linux环境下的App store，是一种软件下载器

2.下载miniconda

• 百度搜索 miniconda 清华
• 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  找到以下链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 复制下载链接
• 登录putty，输入 cd biosoft
• wget（即为粘贴命令）
  wget 复制的下载链接
  注意，在windows的putty中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
• 安装miniconda
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 激活miniconda
  source ~/.bashrc
  激活后在命令行输入conda，如果弹出很多信息表明激活成功，报错可能是没有进行激活miniconda命令

• 添加镜像

  
  image.png
  

  摘自生信星球

3.使用miniconda

• 查看所有软件列表
  conda list
  应该是这个app store里有这些app的意思
• 搜索软件
  如搜索软件fastqc，可输入命令
  conda search fastqc
• 安装软件
  如安装fastqc，可输入命令
  conda install fastqc -y（这里的-y是自动安装的意思）
• 卸载软件
  如卸载fastqc，可输入命令
  conda remove fastqc -y

感觉linux就是一个没有图标的系统，然后需要用各种代码来取代我们平时用的双击的命令