PBS集群相关命令

每个集群的情况不同, 限制有区别: 主要是walktime(程序跑的时间,相应要等那么久...) 最大处理器数量, 最大Job, memory.
MSU: 最多1周walktime(168h) 520核 2TB
PSU的PBS教程. MSU的基础教程(PBS详细参数); MSU 已安装软件 (/opt/software)
使用X11 图形化登陆服务器: ICER介绍, 简言之, mac安装Xquartz(一般mac可预装); win装 Moba Xterm; 随后用ssh -XY id@server登陆, 打xeyes测试是否装有X11

一篇不错的博文: PBS,QSUB常用命令

PBS 脚本示例

#PBS -l walltime=00:01:00        ##跑的时间
#PBS -l nodes=5:ppn=1            ##使用多少节点以及每个节点多少核
#PBS -l mem=2gb                        ##分配多少内存
#PBS -N name_of_job                ##可以给任务一个名字,方便辨识而已
#PBS -q queuename                ##queuename  可以指定但是需要权限.可以设为main. 建议不设定.
#PBS -j oe                                   ##使得输出和错误都输出到同一个文件.

module load HDF5                ###加载必要的模组
module unload GNU        ###卸载模块
module swap GNU Intel/12.0.0.084        ###切换模块
mpirun -np 8 <exectuable>

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qsub

qsub  [-a  date_time]  [-A account_string] [-b secs] [-c checkpoint_options] [-C directive_prefix] [-d path] [-D path] [-e path] [-f] [-h] [-I] [-j join] [-k
       keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list] [-n node exclusive] [-N name] [-o path] [-p priority] [-P proxy_username[:group]]  [-q destination]
       [-r  c] [-S path_list] [-t array_request] [-T prologue/epilogue script_name] [-u user_list] [-v variable_list] [-V] [-w] path [-W additional_attributes] [-x]
       [-X] [-z] [script]

• script : 就是提交作业的脚本了, 如果忽略就从标准输入获取
• -e和-o: 就是指定记录标准错误和标准输出的文件名.
• -j: 合并错误和标准输出. -j oe输出到标准输入文件, eo是到标准输出.

######### TODO

module指令: 模块操作

• module load Name: 加载模块,一般是Name/Version的形式. 用如OpenMPI可以不区分版本加载默认版本. Name大小写敏感.
• module unload Name: 卸载模块
• module swap mod1 mod2 将模块mod1换为mod2. 如GNU(GCC系列)和Intel系列
• module spider name : 查询模块.
• module avail name: 查询模块name的已装有的版本
• module list: 显示所有已加载的模块
• module show name: 显示某模块的路径编译器信息等内容(相应模块的脚本文件内容).

提交和监控任务

• qsub myjob.qsub #提交任务
• qsub myjob.qsub -v var1,var2=2,var3=3 #提交任务, 变指定脚本执行时的环境变量.
• showq -u uid #简要显示任务的信息
• qstat -u uid #查用户状况和申请的时间
• qdel jobid #删除指定任务. qdel $(qselect -u username) 可以删除所有某用户的任务. 也可以用qstat -u username | grep username | cut -d "." -f1 | xargs qdel
• qstat -f jobid #查询任务详细信息(路径,提交人,位置,申请信息,变量等.
• showstart jobid ##查询任务的可能开始时间/结束时间
• checkjob jobid ##查询任务的信息 (-v 更详尽)

常用PBS脚本变量

• PBS_O_WORKDIR: 跑任务的路径位置.
• PBS_O_JOBID: 任务的ID
• PBS_O_QUEUE,PBS_O_SERVER,PBS_O_HOST: 跑任务的列队(如main), 服务器(如mgr-04), 主机(如intel14.i)
• PBS_O_LOGNAME, PBS_O_HOME: 跑任务的用户名及其HOME位置.
• PBS_O_PATH, PBS_O_SHELL:跑任务时的环境变量以及使用的shell.
• PBS_NUM_PPN: 使用核数

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