【数据库>>PROMO】寻找启动子的TF

2021-06-14  本文已影响0人  高大石头

1.启动子预测

1.1 UCSC Genome Browser

进入UCSC Genome Browser在里面输入目标基因,如ENST00000438158.1


出现这个界面后,选LINC01705

接着选取Genomic Sequence

最后设置前2000和后100为启动子区域
设置前2000和后100为启动子区域

输出启动子区域


2.TF预测

预测网站:PROMO

种属选择
输入启动子区域
注意:输入启动子序列时,不带">"部分内容。
产生的结果

3.真实案例

PMID: 33664479

参考资料:

  1. 启动子以及转录因子预测
  2. Long noncoding RNA ERLR mediates epithelial-mesenchymal transition of retinal pigment epithelial cells and promotes experimental proliferative vitreoretinopathy
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