学习小组Day7笔记—我爱一朵向阳花

测序基础知识

了解第一到三代测序技术

概述 第一代测序技术 第二代测序技术 第三代测序技术

二代测序必备名词（引自教程作者：刘小泽）这个教程把接头上的东西讲得很清楚！

双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp

junction： 双端测序中间一些没有测到的区域

flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）

再引用一张接头图片，作为记录：

生信星球：Adapter介绍

DNA序列表征

记录一下常常忘记的各种字母

A =腺嘌呤
C =胞嘧啶
G =鸟嘌呤
T =胸腺嘧啶
U =尿嘧啶
R = GA（嘌呤）
Y = TC（嘧啶）
K = GT（酮）
M = AC（氨基）
S = GC
W = AT
B = GTC
D = GAT
H = ACT
V = GCA
N = AGCT（任何）

常用文件格式的转换命令和软件整理

Fastq文件→Fasta文件
Linux命令

#第一种
sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
#第二种
seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

FASTX-Toolkit
•一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的Fasta/Fastq文件格式转换、统计等命令。
FASTX-Toolkit

EMBL → Fasta格式转换（在线工具）：
http://www.geneinfinity.org/sms/sms_embltofasta.html

一个常见测序文件格式解析的网站，用于查找某种格式文件各行各列的含义：
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

七天的学习小组任务完成！感谢花花（简书：小洁忘了怎么分身 ）的指导和帮助。