蛋白质生信

5️⃣ 蛋白质的特征信息1:跨膜结构分析

2019-01-31  本文已影响54人  Y大宽
序列比对和序列特征分析总目录

除了前述对蛋白质的基本性质进行分析预测外,还可以对其结构比如跨膜区,信号肽,螺旋卷曲等进行预测,还可以进行功能预测

5.1 蛋白质的跨膜区分析

生物膜含的蛋白质叫膜蛋白,细胞中普遍存在,是生物膜功能的主要承担者。根据蛋白质分离的难易及在膜中分布的位置,膜蛋白可以分为外在膜蛋白和内在膜蛋白两类。

工具:TMpred

Input sequce format可以选择几种形式,这里选择SwissProt ID,首先去Uniprot查HGFAC的的ID,Run TMpred

query

结果如下

结果1

结果1

结果解释:

  • 1可能的跨膜螺旋区,预测膜内到膜外的跨膜螺旋7个,分别是14-33等,得分分别为1669等,中心位点分别为23等。同样可以指导膜外到膜内也有6个。
  • 2 score得分大于500认为有生物学意义。

结果2 表示可能的跨膜区域的相关性列表

结果2

结果解释:

  • 6个跨膜螺旋在某个方向(膜内向膜外还是反之)的偏好性,“+”表示在此方向有偏好性,“++”表示跨膜螺旋在此方向有很强的偏好性。
  • 可见,HGFAC预测有6个跨膜区段,其中5个有生物学意义,比较可靠。并且方向很可能是外到内

结果3 建议的跨膜拓扑模型,结果中已经把得分小于500的删除


结果3

结果解释:

  • 1 会给出两个推荐模型,第一个是强烈推荐的。o-i表示膜外到膜内。i-o反之。
  • 2 5个跨膜螺旋的图形展示
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