生信小白入门Linux

常见报错-路径报错

2022-03-31  本文已影响0人  Ashu

一个小报错,在解决过程中,无意间制造报错,花费很多时间探索,观察...尝试一种又一种方法,当独立解决报错,心里突然产生一种佩服自己很有耐心的感觉。

在Linux上安装一个与java相关的软件:Trimmomatic

安装和解压完成后(如何下载,解压和使用javar安装查看上一篇笔记https://www.jianshu.com/p/d25934e930f6),尝试用几种方式调用帮助文档时,第二种方式出现报错,报错都体现在”常见报错“了,无形间制造机会与那些常见报错重温。

第一种:软件目录下用java调用软件帮助文档

##格式:java-jar xxx.jar
java -jar trimmomatic-0.39.jar  --help
当前目录下调用成功

第二种:绝对路径下用java调用

只要给对路径,就能调用成功,不用cd到那个文件夹下。

cd ~
pwd
#/trainee/Jan22
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help

出现报错,解决报错,无意间制造报错以及解决报错

路径-报错1

按道理,第一种方式调用成功,说明成功安装。首先怀疑自己是不是打错字母了,直接复制整句命令里需要的路径

java -jar /home/trainee/Jan22//biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help

复制时,路径不小心多了一个符号/

路径-报错2-多了符号/
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help
看似没有错误的报错

看似没问题还是报错,因为用tab键没法补全,于是检查认真检查各个目录的书写。

 ls
 cd biosoft
 ls
 cd Trimmomatic-0.39/
 ls
![路径报错:字母大小写报错](https://img.haomeiwen.com/i17511166/f342e0985fc9c303.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

以为离解决报成功差不多了,把大小写纠正或是复制原文件名复制到路径里就没问题了,结果运行还是报错:

 cd ~
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar --help
修改大小写后还是报错

家目录的名字弄错了。我的用户是在trainee目录下,不是在为名为home的目录下:

自己基础比较薄弱,心想着老师说javar安装软件,不掌握也没关系,本想要不就放弃了,但是不甘心。突然脑海里闪现小郭老师说的:”只要路径对了,是能调用的”。再仔细思考之前我用的一个账户(ashu)是在home目录下,用pwd还是看不出问题,通过Fizilla看树状结构,才发现自己错了,目前使用的账号不在名为home目录下而是在trainee目录里。

家目录所处的路径
](https://img.haomeiwen.com/i17511166/fc3900de4edbab5a.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
pwd
##/trainee/Jan22
java -jar /trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar --help
##把原来命令中的home/删掉
路径问题:家目录路径搞错了

坚信小郭老师的话,只要路径对了,就能成功调用软件帮助文档,而且第一种方式都能调用成功,我就按这个信念,一步步去尝试试,一个小小的报错,花了我一个小时左右。

路径问题报错总结:

Linux小白解决报错问题,必须仔细观察,多思考,一步步去试,虽然花费时间很,但是很值得,必走之路。

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