常见报错-路径报错
一个小报错,在解决过程中,无意间制造报错,花费很多时间探索,观察...尝试一种又一种方法,当独立解决报错,心里突然产生一种佩服自己很有耐心的感觉。
在Linux上安装一个与java相关的软件:Trimmomatic
安装和解压完成后(如何下载,解压和使用javar安装查看上一篇笔记https://www.jianshu.com/p/d25934e930f6),尝试用几种方式调用帮助文档时,第二种方式出现报错,报错都体现在”常见报错“了,无形间制造机会与那些常见报错重温。
第一种:软件目录下用java调用软件帮助文档
##格式:java-jar xxx.jar
java -jar trimmomatic-0.39.jar --help

第二种:绝对路径下用java调用
只要给对路径,就能调用成功,不用cd到那个文件夹下。
cd ~
pwd
#/trainee/Jan22
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help
出现报错,解决报错,无意间制造报错以及解决报错
- 报错1:

按道理,第一种方式调用成功,说明成功安装。首先怀疑自己是不是打错字母了,直接复制整句命令里需要的路径。
java -jar /home/trainee/Jan22//biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help
- 报错2:
复制时,路径不小心多了一个符号/

-
报错3:
把多余的符号删掉后运行,还报错
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/Trimmomatic-0.39.jar --help

看似没问题还是报错,因为用tab键没法补全,于是检查认真检查各个目录的书写。
ls
cd biosoft
ls
cd Trimmomatic-0.39/
ls
-
报错4:
检查发现是因为不区分字母大小写导致路径的报错。

以为离解决报成功差不多了,把大小写纠正或是复制原文件名复制到路径里就没问题了,结果运行还是报错:
cd ~
java -jar /home/trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar --help

- 报错5:
家目录的名字弄错了。我的用户是在trainee目录下,不是在为名为home的目录下:
自己基础比较薄弱,心想着老师说javar安装软件,不掌握也没关系,本想要不就放弃了,但是不甘心。突然脑海里闪现小郭老师说的:”只要路径对了,是能调用的”。再仔细思考之前我用的一个账户(ashu)是在home目录下,用pwd还是看不出问题,通过Fizilla看树状结构,才发现自己错了,目前使用的账号不在名为home目录下,而是在trainee目录里。

](https://img.haomeiwen.com/i17511166/fc3900de4edbab5a.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
pwd
##/trainee/Jan22
java -jar /trainee/Jan22/biosoft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar --help
##把原来命令中的home/删掉

坚信小郭老师的话,只要路径对了,就能成功调用软件帮助文档,而且第一种方式都能调用成功,我就按这个信念,一步步去尝试试,一个小小的报错,花了我一个小时左右。
路径问题报错总结:
- 符号的问题:使用绝对路径,用tab键没法补全时,认真检查符号是不是对了,如多了还是少了;
- 软件或是文件文件书写:严格区分大小写,用tab键补全或是复制
- 用户所在的目录:使用pwd命令,一定仔细查看所处路径;或是通过Fizilla查看层级结构,不是所有的普通用户都是在home目录下。
Linux小白解决报错问题,必须仔细观察,多思考,一步步去试,虽然花费时间很,但是很值得,必走之路。