如何安装linux软件

思维导图

Day3——如何安装Linux软件.png

一、Linux的应用商店：conda

阅读了生信星球的关于conda的文章，我了解到conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，相当于app store，可以下载大部分linux需要安装的软件，一键安装，非常方便。日常的生信使用miniconda即可。

二、下载miniconda

登陆服务器后，用uname -a命令查看服务器是多少位的，去清华的conda镜像网站(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/），选择自己所需的版本。我选择的是Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh版本，右键复制此版本的链接。
进入biosoft目录，wget 刚才复制的链接 即可下载。

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三、安装miniconda

1、下载完成后，输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh开始安装。

按回车键跳过版权信息，出现Do you accept the license terms? [yes|no]后输入yes，接下来一路输入enter或者yes，直至出现Thank you for installing miniconda3!后，说明安装成功。

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2、安装完成后还需激活，输入source ~/.bashrc后将出现满屏的信息，表明激活成功。

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3、添加镜像

配置镜像可以加快下载速度。输入以下4行命令，回车

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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至此我们的准备工作就绪了。

三、如何使用conda

1、conda list：可以查看当前服务器上安装的所有软件列表

2、conda search fastqc：查看conda软件

fastqc是一款可以对测序数据进行质量评估的软件

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3、conda install fastqc -y：安装fastqc软件（-y表示对接下来的所有问题都回答yes）

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4、conda remove fastqc -y：卸载fastqc软件

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四、conda环境：conda environment

由于我们在生信实战中会创建不同的项目，每个项目之间需要用到的软件以及软件的版本号也都是不同的，因此为了方便管理，我们会创建不同的conda环境，在不同的环境中安装不同的软件。

1、conda info --envs：查看conda的环境

目前我们只有一个conda环境,其中*表示为默认的conda环境。

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2、建立conda环境：

假设我们要建立处理转录组数据，建立一个名为rnaseq的conda环境，我们制定python版本是3，并且安装fastqc、trimmomatic软件。我们用到的命令为conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。

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3、激活新的conda环境：

我们再次用conda info --envs查看conda环境，发现我们此时已有两个conda环境，但是默认的还是base，我们可以用conda activate rna-seq来激活新的conda环境。

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激活后，用户名root前面出现了（rna-seq），试着输入fastqc，如果出现一大段信息，表明这个软件可以使用。
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4、conda deactivate：退出当前conda环境

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