scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度
2020-08-30 本文已影响0人
生信编程日常
在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNA velocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。但如果违反了一般剪接速率的中心假设和观察到的稳态mRNA水平的完整剪接动力学，就会出现RNA速率估计误差。这篇文章中新开发的scVelo (https://scvelo.org)，基于最大似然数的动力学模型解决了剪接动力学的完整转录动力学，从而解决了这些限制。因此，scVelo将RNA速率推广包括常见的发育以及对微扰动反应的瞬时细胞状态在内的各种系统。
原文：https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3
