ZT：系统发育树的构建
转自：宏基因组 ，舟行天下
相信有很多读者都会用MEGA软件进行系统发育树的构建，Mega是一款简单易用的系统发育分析软件，也被国内外期刊引用很多次，得到了大家的认可，但是有没有更为专业的系统发育树构建软件呢？今天将给大家介绍一种更为专业的建树方法用RaxML构建系统发育树。RAxML 是德国慕尼黑大学Dr. Stamatak 开发的一个系统发育树构建软件，它采用的是最大似然法进行系统发育树的构建，可以运行大规模的碱基序列的计算处理。
RAxML 有本地版本以及在线版本，本地版下载链接：https://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/index.html
（理论上，我都会去试下链接死没死，不过由于今天网络不好，我就没有去试了）
构建进化树的方法常见有：
Distance methods (距离法)
·UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means)
·Fitch-Margoliash
·Neighbor-joining
Discrete character methods (独立元素法)
·Parsimony
·Maximum likelihood
用在线的MAFFT进行Alignment
值得一题的是此软件也是发在MEB上的一篇神文，多个版本历史被引用几万次，MAFFT第7版于2013年发表已经引用破5000；主页 https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/，在各种系统的版本，适合所有人可用。
在线版地址：https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html
MAFFT
1.上传fasta序列文件到文本框中（All_Lentitheciaceae_LSU_sequence.fasta）
2.UPPERCASE / lowercase: 选择 Same as input
3.Direction of nucleotide sequences: Help 选择 Adjust direction according to the first sequence (accurate enough for most cases)
4.Output order: 选择 Same as input
5.添写接收结果的邮箱，最后点击Submit
6.我们将邮件中的结果打开链接，选择fasta格式，复制新页面中内容粘贴至文本编辑器中另存为一个.fasta的文件（All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta）.
用Mesquite格式转换
Mesquite
1.这个软件解压之后可以直接点击运行(需要Java环境支持)
2.File—open file—选Fasta（All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta）—OK—输出 .nex的文件（All_ALIGNED.nex）
3.然后选File—export—Phylip(DNA/RNA)—OK—参数选择序列最长字母数—导出.phylip格式的文件（All_ALIGNED.phy）。
PHYLIP介绍
PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件集，基本囊括了系统发育分析的所有方面，而且是免费软件，如上面提到的DNADIST和PROTDIST。根据谷歌学术检索，该软件目前已经被引用了3万次(3个常用版本)，非常强大。其处理DNA序列的软件和处理蛋白质序列的软件不同：用最大节约法构建进化树时，DNA序列采用DNADIST软件，蛋白质采用PROTPARS软件；用距离法构建树时，DNA采用DNADIST软件，蛋白质采用PROTDIST软件；用最大似然法构建树时，DNA采用DNAML、DNAMLK,蛋白质采用PROTML或PROTMLK软件。
在线进行系统发育树构建：
进入ATGC网站 http://www.atgc-montpellier.fr/ 我们选择左端Online programs，新页中选择PhyML，如下图
1.上传上一步得到的PHYLIP format文件（All_ALIGNED.phy）
2.选择建树模型：(如果前期得到了用Jmodeltest的树的模型可以在下列选项中选择一个模型），如果前期没有筛选模型选择GTR; Number of random starting tree: SPR
3.Tree Searching： 如果没有给定的树选择：BIONJ，no
4.Branch Support： Fast likelihood-based method：no Perform bootstrap：1000， yes
5.然后输入你任务的名字以及接收结果的email地址。
6.最后你就能把你的结果打包下载啦，这其中最有用的文件就是RAxML_bestTree.All_ALIGNED_result，这个树文件啦~
最后进行树的查看与编辑
可以用Figtree (免费软件)查看并编辑树的软件
Figtree
树的编辑与美化都是依据个人喜好，大家可以用Figtree, Adobe Illustrator, Photoshop 等多种软件按自己的需求进行树的编辑与美化。
