脚本更新---空间转录组多样本细胞niche分析（R版本）
2025-05-21 本文已影响0人
单细胞空间交响乐
作者，Evil Genius
课程临近了，要准备好脚本了，当然了，即使没什么人上课，准备好的脚本项目中也都能用。
今天我们需要更新的内容是R版本的多样本细胞niche，针对visium、bin模式的Stereo-seq(bin > 50).
第一步做好单细胞空间联合分析，cell2location、RCTD均可，当然其他方法也可以，主要目的获得单细胞空间联合后的细胞矩阵。
单细胞空间联合的注意事项就不过多赘述了，大家回看即可。
接下来就是要准备10X的文件获得分析好的rds文件
Stereo-seq就要准备好rds文件了。
接下来进入主脚本，以c2l的结果为例。
library(scater)
library(tidyverse)
library(uwot)
library(cowplot)
library(factoextra)
library(Seurat)
library(ggrastr)
library(compositions)
####数据路径
c2l_folder <- "./"
