GneAlex
GenAlex下载地址
GENALEX软件是Peakall和Smouse研究出的一种在 Microsoft Excel程序中运行的跨操作系统平台的居群遗传分析软件包，它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析。例如GENALEX可进行F统计检验、Nei’s遗传距离和地理距离的同一性检验以及偏性分布的检验。基于距离的计算如 AMOVA分析、相关性PCA分析、Mantel检验等。该软件包还提供了 20多种不同的图表总结数据已经辅助检测。除此之外，序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式(李欣，2008)。

1. 软件初步了解

相关文献引用一万七千多，666，下载GenAlEx 6.503 版本，This version offers access to all GenAlEx options via the Excel Ribbon, while at same time remaining backwards compatible with previous Windows versions of Excel.

genalex为excel扩展宏插件，直接在excel里即可运行。并直接读取excel文件，将结果生成新的表格。关于在数据的输入格式参考 quick start 文档, 前三行为数据相关信息，包括位点数，样本数，种群数，每个种群的样本数等

第一列为样本编号，样本编号建议单字母加位数相等数字 ，第二列为种群编号。C4开始为数据。使用Parameters功能前确认以下 软件对数据的要求
荧光ssr的结果为一下形式，除此以外，软件也可使用其他类型数据，比如，repeat 的 次数.
荧光ssr结果

实例说明

2. 软件功能与参数

2.1 Parameters menu

从数据中识别参数值，包括，位点数，种群数等并自动插入到第一行，就不需要在第一行手动输入这些参数值了

2.2. Data menu

对数据进行编辑处理，根据样本 种群 id 进行排序等，根据种群名称提取此种群样本并形成新sheet,其他功能参照手册

2.3. Frequency Based Statistical Procedures menu

2.3.1 Frequency

计算summary statistics。包括 Sample Size, No. Alleles, No. Effective Alleles, Information Index, Observed Heterozygosity, Expected and Unbiased Expected Heterozygosity, and Fixation Index。

参数计算较简单，结果文件中有部分参数的计算公式，群体基础上的平均等位基因数没有表现出计算方法。目前只熟悉了 等位基因频率相关、AMOVA、主成分分析 。也都是一键操作。

2.3.1.1 计算所有位点的的遗传多样性信息

如果计算所有位点的的遗传多样性信息，需要将所有样本数据视为一个群体，选择以下参数， 参数 会得到以下结果，即每个引物的具体参数值 HFP

2.3.1.2 不同群体间的遗传多样性

方法参照2.3.3.1 ,只是将蒋样本视为分为多个群体

2.3.1.3 AMOVA

之间选择Distance based下的AMOVA，确认群体个数及样本量，并选择合适参数，或者选择所有 参数，看哪一个是自己需要的结果。其中Fst sheet中是需要的AMOVA结果，结果也会有Fst 及NM的值， Fst的值与Gnepop得到 的结果数字大小差别不大，

amova参数