lncRNA转录组肿瘤

IncRNA介绍

2020-06-06  本文已影响0人  生信编程日常

长链非编码RNA((long non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于200bp的非编码RNA,无蛋白质编码功能,物种间保守性差,具有较强的组织特异性和时空特异性。目前确定功能的lncRNA较少。lncRNA在表观遗传水平、转录水平和转录后水平调控基因表达发挥作用,并广泛参与机体几乎所有生理和病理过程,与临床上许多肿瘤及非肿瘤疾病关系密切。

1. 分类

1)反义lncRNA(antisense lncRNA),由邻近的编码基因反方向转录,与其他蛋白质编码基因存在重叠区域(如共享外显子);
2)基因内lncRNA(intronic lncRNA),起始于蛋白质编码基因的内含子,但与其无重叠区域,由相对邻近的蛋白质编码基因从任意方向转录;
3)异质性lncRNA(divergent lncRNA),由邻近的蛋白质编码基因的启动子反方向转录,转录启动时常伴随相邻蛋白质编码基因转录起始位点数百bp的转录;
4)基因间lncRNA(intergenic lncRNA),由蛋白质编码基因及那些不共享启动子、外显子或内含子的蛋白质编码基因共转录而来;
5)增强子式lncRNA(enhancer lncRNA),由增强子转录,可长距离或短距离介导调控转录lncRNA自身的增强子与基因组内其它转录因子间的相互作用。


分类
2. 主要功能

1)基因表达调控

2)调节组蛋白修饰与染色质重塑

3)调节组蛋白修饰与染色质重塑

3. 数据库
4. 常规研究思路

参考:
1)http://html.rhhz.net/ZGSWGCZZ/html/20160908.htm#zz
2)http://www.ajsmmu.cn/ajsmmu/ch/reader/create_pdf.aspx?file_no=20100539&flag=1&year_id=2011&quarter_id=7

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