泛基因组Psvcp测试
2023-06-27 本文已影响0人
花生学生信
workflow
环境
##Assemblytics
git clone https://github.com/MariaNattestad/Assemblytics.git
###需要Assemblytics_uniq_anchor.py
ln -s /public/home/fengting/work/6.25111/Assemblytics/scripts/* ~/miniconda3/bin
chmod 754
测试
1构建泛基因组
python /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/1Genome_construct_Pangenome.py -t 12 /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_gff_dir_example /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_list
###把主程序（.sh）numcer 中的-t 32 参数去掉
泛基因组构建结果
2 reads比对到泛基因组
python ~/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/Construct_pan_and_Call_sv.py example7/genome_gff_dir_example/ example7/genome_list -fqd example7/fq_dir_example/ -o pop
## -o 具体参数暂时不知
运行中
depth统计
sv结果图
cluster
参考基因组插入区域
聚类
