R及R包安装方法

R及R包安装方法

R安装

#下载R，以win版为例
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

image-20200326182101797.png image-20200326182256745.png image-20200326182359734.png

Rstudio切换R运行版本

菜单栏Tools->Global Options->

image-20200326181752478.png

R包安装方法

• install.packages()安装CRAN中的包

  #参数详解
  #pkgs：r包名称，可以多个。或者网址，本地下载好的r包
  #lib：安装路径，省略则自动安装在.libPaths()中的第一个路径下
  #repos：CRAN镜像网址，NULL则可以安装本地包
  #method：下载文件的方法，具体可以查看download.file函数
  #destdir：下载包的存放路径，默认当前的临时文件夹
  #dependencies：安装依赖包，默认安装，或者输入包的名称
  #type：安装包的类型，二进制文件还是源码
  #quiet：不输出到屏幕
  

  install.packages("ggsci")
  install.packages("https://mirrors.e-ducation.cn/CRAN/src/contrib/ggsci_2.9.tar.gz",repos=NULL)
  install.packages("/tmp/ggsci_2.9.tar.gz",repos=NULL)
  

• biocLite/BiocManager安装bioconductor中的包

  #3.5.0之前版本的R安装方法
  source("http://bioconductor.org/biocLite.R")安装BiocInstaller
  biocLite("ggsci")
  BiocInstaller::biocLite('ggsci')
  
  #3.5.0之后版本的R安装方法
  install.packages("BiocManager")
  BiocManager::install("ggsci")
  

• 命令行安装

  R -q -e install.packages("ggsci")
  R CMD INSTALL /tmp/RtmpptJpuQ/downloaded_packages/ggsci_2.9.tar.gz
  

镜像网址

University of Science and Technology of China:https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/

TUNA Team, Tsinghua University:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

Elite Education:https://mirrors.e-ducation.cn/CRAN/