Python | 统计FAST文件里多个基因的长度

2022-10-28  本文已影响0人  懒猪曼达

假如以下这个脚本为Gene_length.py, 测试的fasta文件为test.fasta,输出文件为outfile

代码的运行命令(在linux中):python Gene_length.py test.fasta outfile

* 其中 ID = re.split(r'\.',line)[2] 这一步是因为原始fasta文件里ID名称是这样的>evm.model.Contig62652.1.我们需要的是Contig62652这一部分,这个ID是用.来分割,而我们需要的是第三部分,在列表中是属于【2】

代码实例
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