【2019-01-14】每日生信--CGAP:NCBI癌症基因组
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CGAP，The Cancer Genome Anatomy Project
CGAP简介
The goal of the NCI’s Cancer Genome Anatomy Project is to determine the gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells, leading eventually to improved detection, diagnosis, and treatment for the patient. By collaborating with scientists worldwide, CGAP seeks to increase its scientific expertise and expand its databases for the benefit of all cancer researchers.
CGAP计划是一项由NCI建立和主持的交叉学科的计划，用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。CGAP被分为五个互补的自主部分，每一个都有它自己的目的，信息学工具和资源。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。Molecular Profiling (MP)分子表达谱展示了用前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划（CCAP）描述了同恶性转移相关的染色体改变。The Genetic Annotation Index (GAI)遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠肿瘤基因索引（mTGI）确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。
CGAP网址：http://cgap.nci.nih.gov/
CGAP找癌症基因
1.步骤
CGAP主页/Gene/Gene finder，然后按下图搜索，如要搜索colon cancer的基因序列。
CGAP:NCBI癌症基因组剖析计划
2.结果
如：
NM_138933
NM_138932
NM_014576
提醒一下，要查找序列，请到中文Entrez序列查询工具。
附CGAP计划的详细介绍
The Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)
癌症基因组剖析计划（CGAP）
CGAP计划是一项由NCI建立和主持的交叉学科的计划，用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。CGAP被分为五个互补的自主部分，每一个都有它自己的目的，信息学工具和资源。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。Molecular Profiling (MP)分子表达谱展示了用前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划（CCAP）描述了同恶性转移相关的染色体改变。The Genetic Annotation Index (GAI)遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠肿瘤基因索引（mTGI）确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。
CGAP概念引导
为什么要有CGAP？
在过去的二十年中，我们已经了解到遗传学改变是所有癌症的根结所在。为此，CGAP将统一最新的技术，以及那些又节约经费又有很高的通量的技术，来确定所有与癌症的产生和发展有关的基因。
计划的目标
获得关于正常，癌前，和恶性细胞的全面的分子学特征。
计划资源
所有的数据和材料对于研究人员是没有任何限制的完全开放。
CGAP FAQ
CGAP是关于什么的？
概念和演变部分将通过幻灯片向你解释同这个计划相关的最基本的科学概念。
我如何在CGAP的cDNA库中找到信息？
从主页出发，在cDNA库资源下选择浏览库（Library Browser）来浏览按关键子分类的库的列表，每一个链接都指向更多的关于这个库的信息。
我能得到关于一个库的那些特定信息？
在主页上选择了库浏览（Library Browser）后，从库的列表中选择一个特定的库，你会发现：
-
关于建库的信息。
-
样品和组织的信息。
-
从这个库来源的克隆，序列，和基因的下载的链接。
分析CGAP数据，那些工具是可以获得的？
对于EST的cDNA库数据，xProfiler允许在两个或两个以上的库之间进行计算基因频率的比较。
对于SAGE库，请到NCBI的SAGEmap站点。
我可以从哪里获得CGAP克隆？
关于如何从IMAGE合作克隆分布网络定购特定的cDNA克隆的信息可以在“获得CGAP试剂”（Obtaining CGAP Reagents）文件中找到。
我可以从哪里得到用于我自己的癌症研究的组织样品？
关于如何从NCI合作人类组织网络中得到组织的信息可以在“获得CGAP试剂”（Obtaining CGAP Reagents）文件中找到。
我如何贡献资源或者与CGAP合作？
在“获得CGAP试剂”（Obtaining CGAP Reagents）已经描述：
贡献一个组织，请同Dr. Michael Emmert-Buck联系。
贡献一个cDNA库或者考虑同CGAP合作，请同Dr. Robert Strausberg联系。
在CGAP中使用的方法学和技术的信息是否可以获得？
在主页上选择方法学“Methodology”，将把你链接到以下信息：
激光截取微切割。
CDNA库是如何从微切割的组织中做成的。
表达技术：那些开发全面的转录分析技术的公司和学术研究所的概要。
CGAP Molecular Profiling InitiativeCGAP分子表达谱初步
分子表达谱初步是针对关于分子分析人类组织样品的的挑战的。这个计划的目的是：
- 确定在分析组织样品是碰到的重要的技术，分析，和信息学问题。
- 提供方法学，实验步骤，和信息学工具。
- 以前列腺为样板，提供在组织的分子分析时研究中碰到的成功，失败，和挑战。
CCAP工具
直接去在CCAP克隆图谱和复发改变数据的CCAP工具。
什么是CCAP？
CCAP的目的是发展一套工具，用于允许对与恶性转移有关的特定的染色体改变进行方便的定义和详尽的描述。由NCI和NCBI支持。
CCAP的目的：
- 将人类基因组的细胞学（在整个染色体上定义的）和物理的（结构）图谱整合。产生一个克隆库，这个库在遗传学和物理上都已定位，可供随时测序的BAC克隆，这些克隆在人类基因组上的分辨率大概是1-2Mb。开发一个数据库，这个数据库将克隆库以易于访问的，用户友好的，和有意义的样式展示，同时提供一个将癌症相关的染色体异常和临床，组织学信息并行数据库关联起来的平台。
- BAC克隆题供对定位研究有价值的工具，因为它们含有很大的人类DNA插入，而且可以被荧光标记来定位基因和识别与癌症染色体变异有关的区域。
关于CCAP初步
- 确定染色体的异常对临床医生很有用，允许对一个给定的癌症根据它特定的遗传“指纹”来诊断，分类，和治疗。随着可以获得的关于染色体异常的信息的激增，一个公共数据库把这些信息整合进去就有很大的需求。此外，作为CCAP初步的一部分，正在努力建立一个精炼的描述命名，用来定义癌症细胞的染色体组型的异常（插入，扩增，缺失，和移位）。这个精编是设计来增加和补充传统的基于带型的染色体描述，增补是通过整合和格式化三种目前发展水平上的细胞遗传学分析的数据流：染色体带型分析（SKY），比较基因组杂交（CGH），和荧光原位杂交（FISH）。
The CGAP Genetic Annotation Initiative (GAI) CGAP的遗传注解索引（GAI）是一项探索和应用那些用来确定和描述在癌症中重要基因遗传改变的技术的研究项目。
- GAI努力确定目标基因。确定基因的改变，以及开发利用这些改变的实验室检测方法，将扩展用遗传学手段来理解常见的癌症和与其相关的表型。
- GAI使用数据挖掘手段从可以公共访问的DNA序列数据和用实验室方法全面的搜索癌症相关基因的变化来确定候选的变化。
- 所有的GAI候选，有效，和确定的遗传学变化都是可以公开访问的。可以通过公共的服务器来来获得变化预测工具。
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