查找一个基因的启动子序列
2018-11-16 本文已影响290人
Y大宽
如何查找某个gene的promoter sequence？
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首先，知道启动子在哪里？
启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游 -
其次，找gene的TSS
对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence了。可以去NCBI, Ensembl或UCSC。 -
其他
人类的启动子相关数据库
Biobase TransPro
mPROMDB
CSH TRED
Eukaryotic Promoter Databse（EPD）
promoter sequence of a Gene from Ensembl
--以Ensembl为例--
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1 打开上述Ensembl网址，选择物种，以示例中的BRCA2为例
点击上图红框
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2 点击sequence
点击sequence
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3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter sequence，默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp，按下面
窗口就会更新了。
- 4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer
复制ensembl的 promoter sequence
---- END
