Biostar handbook学习笔记一

在仔细学习班长的biostarhandbook(二)分析环境和数据可重复的简书文章之后，亲自实践了虚拟机下安装biostar。现记录如下：

1. 班长提到了需要具备三项基本的生信技能，在这三项技能中，我还处在初级阶段，今后将在班长的带领下，加强这些技能的掌握。

2. 我是在VMware(一种虚拟机软件)下安装的ubuntu，不是在Hyper-v(另外一种虚拟机软件)上安装的ubuntu，这个几乎没有影响。

3. 目前基本上掌握在linux下使用源代码编译并且安装软件。
   有root用户权限安装软件的步骤基本上为：./configure; make; make install。运行configure的目的是生成Makefile文件。同时需要设置环境变量。
   但是这样的安装方式还是比较繁琐，建议选择使用conda(Linux)下安装软件或者包。安装及使用方法请参考Miniconda以及Bioconda的使用及环境配置这篇文章。

4. 虚拟机下输入 ping -c 3 baidu.com，检查网络是否畅通(百度解释ping命令: “ping”命令可检查网络是否连通，可很好地帮助我们分析和判定网络故障)。

5. 在如何优雅的使用虚拟机这部分中：

• 利用ipconfig 获知IP地址(红色方框处即为虚拟机的ip地址)

虚拟机的ip地址

• 在Ubuntu中安装openssh-server后才能保证用户能够访问主机。这步我已经实现。

我的虚拟机ssh服务

• 我在windows中cmd后, 输入ping 192.168.160.131 不报错。ping在xshell中没有成功，ssh也没有成功。可能是版本问题。我用的版本是4。估计需要更高版本。

xshell中输入ping和ssh报错信息

ping在putty下可以实现，但是用了很长时间。

putty下ping不报错

• 在putty下使用biostar handbook提供的终端配置
  wget http://data.biostarhandbook.com/install/bash_profile.txt
  cat bash_profile.txt >> ~/.bash_profile
  wget http://data.biostarhandbook.com/install/bashrc.txt
  cat bashrc.txt >> ~/.bashrc
  source ~/.bash_profile

至此putty就可以访问虚拟机了。

• 回到虚拟机下，安装miniconda
  方法请参考Miniconda以及Bioconda的使用及环境配置这篇文章。

在执行conda create -y --name bioinfo python=2创建一个新的bioinfo虚拟环境时，出现以下报错信息：

报错信息.png

我的conda_channels：

conda_channels.png

解决办法：删除掉所有的清华镜像即可。再次执行conda create -y --name bioinfo python=2不报错，此时python版本必须是2，biostar中的部分软件与python3有冲突。

• 最后，安装biostar课程所需所有软件
  curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y

至此，我根据班长的笔记在虚拟机中成功的安装上了biostar。

biostar正在安装