Pacbio测序（一）
2019-08-24 本文已影响0人
九月_1012
Pabio主要发布三个测序仪，RSII实体比较大，Sequel平台在节约了大量的光学检测部件的空间以后，原来外置的数据处理器Blade Center与主机合二为一，内置于下部空间，成为一个整体，其体积减小至只有原来的1/3。相对于Illumina Hiseq的体积也小11%。重量也从过去的一吨多到现在的不足400kg。
相比之下，Illumina或者Ion Torrent测的都是一簇分子。Sequel平台利用单分子实时测序技术，又称作SMRT（Single Molecule Real-Time）测序，其实是基于ZMW孔（零模波导孔，Zero-Mode Waveguides）的单分子读取技术，sequel无需扩增，可以可快速完成序列读取。
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pacbio sequel II升级后单个芯片数据通量是原来的8倍
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Pacbio文库构建的模板是哑铃形状，哑铃形状的文库有一个好处，它整个分子实际上是一个圆环。在测序的过程中它可以周而复始地进行测序，这不仅有利于发挥PacBio的长读长的优势，同时有利于多个pass矫正随机错误率。
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pacbio建库流程如下：
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pacbio测序原理
测序的核心部件：ZMW孔：即零模波导孔（Zero-Mode Waveguides），合成反应在ZMW中进行，sequel每个SMRT Cell上约有100万个ZMW（Sequel II 800万）。
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DNA链铆钉在即零模波导孔底部，和模板互补的dNTP被聚合酶抓住，短暂的结合，被激光照射，发出荧光，荧光转化为碱基信号；链继续延伸，结合的dNTP的荧光基团脱落，完成了一个小循环，反应反复进行。
pacbio测序的应用范围：
（1）全基因组de novo测序
（2）全长转录本测序
（3）宏基因组测序
（4）结构变异检测
（5）表观遗传学
（6）目标区域测序
