2019年1月 核酸适配体筛选文献（共21篇）简介-中国1月筛选
2019年1月 核酸适配体筛选文献（共21篇）简介-中国筛选文献占全球75%
以下是2019年1月份来自web of science、scopus、pubmed三个数据库的筛选文献，经过手工筛选，共有21篇筛选aptamer的文献。应该是创历史新高。2018年全年共104篇筛选文献，而2019年第一个月就有21篇。2018年全年aptamer文献共1799篇，2019年第一个月334篇。核酸适配体的春天已经到来了？
需要特别指出的是：在这21篇筛选文献中有16篇（包含一篇台湾同胞的）出自中国科学家之手。另外五个国家各有一篇筛选文献，分别是 美国、日本、韩国、德国、新加坡、伊朗。中国的筛选论文主要来自长期在这里领域耕耘的团队，裴仁军有2篇，谭蔚泓1篇，李鹏飞1篇，上官棣华1篇，刘杰1篇，许丹科1篇，还有些新面孔不一一列举。
这里想说的一点是：筛选一直是大家不太愿意做的事。成功率低，风险大，难发高档次论文。但筛选又是整个领域或产业链的瓶颈，必须克服。中国这么多团队愿意从事筛选工作，也说明中国的科学家越来越能静心做一些真正有价值的工作。
一月份的筛选论文中有一些工作令人印象深刻。如中国药科大学顾月清教授利用计算来筛选适配体（文献4），这是很多人的梦想，如果有一天有了一个靶标，只要通过计算就可以找到适配体，将会给这个领域带来革命性的变化。谭蔚泓研究组（文献12）和新加坡（文献19）发表了修饰核苷酸的筛选方案。钱宇娜的动物活体筛选靶向骨的适配体，为未来开发更多组织靶向的核酸适配体提供了参考（文献6）。另外，GO-SELEX，我之前一直不太看好这项技术，现在也在走向成熟，这个月有两篇相关的文献（文献2、20）。病人细胞筛选，血清筛选也都是比较有挑战性的工作。
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以下是2019年1月份 21篇筛选文献的列表和简单介绍。
1 Yu, Q. et al. Characterization of ssDNA aptamers specifically directed against Trachinotus ovatus NNV (GTONNV)-infected cells with antiviral activities. J Gen Virol, doi:10.1099/jgv.0.001226 (2019).
CELL-SELEX筛选神经坏死病毒（NNV）感染的细胞的适配体，有望用于诊断。【负责作者李鹏飞】
2 Song, S. et al. Selection of highly specific aptamers to Vibrio parahaemolyticus using cell-SELEX powered by functionalized graphene oxide and rolling circle amplification. Anal Chim Acta 1052, 153-162, doi:10.1016/j.aca.2018.11.047 (2019).
这篇文章利用氧化石墨烯来进行CELL-SELEX，但有两个改进。一是聚乙二醇（PEG）和壳聚糖（CTS）接枝到片状氧化石墨烯（GO）分子上以合成PC-GO材料，从而改善，GO在筛选过程中的溶解度，二是使用互补环介导的（CRM-RCA）滚环扩增技术用于单链制备。靶标是：食源性病原体副溶血性弧菌。【陕西师范大学 杨兴斌】
3 Wang, J. et al. In Vitro Selection of a DNA Aptamer by Cell-SELEX as a Molecular Probe for Cervical Cancer Recognition and Imaging. J Mol Evol, doi:10.1007/s00239-019-9886-8 (2019).
CELL-SELEX筛选 宫颈癌细胞的ssDNA适配体。流式与共聚焦鉴定，51-mer的适体C-9S显示出最佳性能。适配体可以用于早期检测，体内成像和靶向递送。【负责作者 裴仁军】
4 Bavi, R., Liu, Z., Han, Z., Zhang, H. & Gu, Y. In silico designed RNA aptamer against epithelial cell adhesion molecule for cancer cell imaging. Biochem Biophys Res Commun 509, 937-942, doi:10.1016/j.bbrc.2019.01.028 (2019).
通过实验筛选适配体依然困难重重，成功率低，所以通过计算筛选一直是科学家的愿望。这篇文章介绍了通过计算来筛选适配体的例子，相信这会是未来的趋势。不知道这个计算的成本有多高，失败率有多大，计算量有多大。【负责作者中国药科大学顾月清教授】
5 Yoshitomi, T. et al. Screening of DNA Signaling Aptamer from Multiple Candidates Obtained from SELEX with Next-generation Sequencing. Anal Sci 35, 113-116, doi:10.2116/analsci.18SDN05 (2019).
文章介绍了一种结合NGS数据发现构象变化适配体的方法，即当aptamer与靶标结合，可以引起核酸适配体折叠结构的变化。这种变化可以通过标记在适配体两端的荧光基团和淬灭基团，由于构想变化产生的信号读取出来。【日本】
6Chen, L. et al. In vivo SELEX of bone targeting aptamer in prostate cancer bone metastasis model. Int J Nanomedicine 14, 149-159, doi:10.2147/IJN.S188003 (2019). IF 4.370
【重要】活体筛选骨靶向的aptamer（in vivo SELEX）。前列腺癌骨转移模型小鼠体内筛选能靶向小鼠骨的aptamer。10轮筛选。目前（20190209）WOS数据库在标题中检索“in vivo selex”仅有10篇文献。虽然想法1999年就有人提出来了，但难度比较大。本文筛选使用的是Thioaptamer library。
【负责作者：钱宇娜】
7 Jaeger, J. et al. Characterization and Inkjet Printing of an RNA Aptamer for Paper-Based Biosensing of Ciprofloxacin. Biosensors (Basel) 9, doi:10.3390/bios9010007 (2019).
筛选出环丙沙星的RNA适配体，并通过喷墨打印印刷到纸质基质上，做成传感器。并证明传感器性能稳定。这位将来大规模生产印刷生物传感器积累了经验。【德国】
8 He, J. et al. In vitro selection of DNA aptamers recognizing drug-resistant ovarian cancer by cell-SELEX. Talanta 194, 437-445, doi:10.1016/j.talanta.2018.10.028 (2019).
以耐药性卵巢癌细胞为靶标。细胞SELEX产生的HF3-58和HA5-68，与紫杉醇抗性卵巢癌细胞系（A2780T），均表现出高选择性和纳摩尔解离常数的强亲和力。适配体与靶细胞的结合不依赖于二价离子，并且耐受孵育温度和血清中的核酸酶。两种适配体的分子靶标初步证明是A2780T细胞上的两种不同糖蛋白。【负责作者 上官棣华】
9 Zhou, Y., Li, W., Tseng, Y., Zhang, J. & Liu, J. Developing slow-off dickkopf-1 aptamers for early-diagnosis of hepatocellular carcinoma. Talanta 194, 422-429, doi:10.1016/j.talanta.2018.10.014 (2019).
获得识别早期肝癌细胞HCC的生物标志物dickkopf-1（DKK1）的不同的解离速率的适配体，亲和力0.37nM，长度39nt，检测血清样品证实，DKK1适配体可以替代抗体用于早期HCC诊断。【负责作者：复旦大学 刘杰】
10 Bayat, P., Taghdisi, S. M., Rafatpanah, H., Abnous, K. & Ramezani, M. In vitro selection of CD70 binding aptamer and its application in a biosensor design for sensitive detection of SKOV-3 ovarian cells. Talanta 194, 399-405, doi:10.1016/j.talanta.2018.10.063 (2019).
CD70蛋白和表达CD70的细胞交替筛选，获得能阻断CD70与CD27 （CD70受体）的结合的适配体。荧光标记的该适配体还可以用于灵敏检测SKOV-3细胞。【伊朗】
11 Yang, L. et al. Exploration of catalytic nucleic acids on porphyrin metalation and peroxidase activity by in vitro selection of aptamers for N-methyl mesoporphyrin IX. ACS Comb Sci, doi:10.1021/acscombsci.8b00129 (2019).
筛选了N-甲基中卟啉IX的适配体（NMM）的适配体，并进行了截短。39-mer的适配体Nm2.1在饱和浓度下，能是NMM荧光增强24倍。在碱金属阳离子（K +和Na +）存在下，富含G的Nm2和Nm2.1可能形成G-四链体，显示出优异的过氧化物酶活性，其催化效率比单独的氯化血红蛋白高19倍。所得的适配体既可以实现荧光增强，有具有DNAzyme酶的活性。【负责作者 纳米所 裴仁军】
12 Tan, J. et al. Regulation of Protein Activity and Cellular Functions Mediated by Molecularly Evolved Nucleic Acids. Angew Chem Int Ed Engl 58, 1621-1625, doi:10.1002/anie.201809010 (2019).
建立了扩展核酸文库碱基组成多样性的通用方法，能够产生能够调节蛋白质活性的适配体。具体地，鉴定了靶向整联蛋白α3（ITGA3）的适配体，并且该适配体可以抑制细胞粘附和迁移。【负责作者 谭蔚泓】
13 Lee, B. H. et al. The sensitive detection of ODAM by using sandwich-type biosensors with a cognate pair of aptamers for the early diagnosis of periodontal disease. Biosens Bioelectron 126, 122-128, doi:10.1016/j.bios.2018.10.040 (2019).
筛选靶向人类牙源性成釉细胞相关蛋白（ODAM）的适配体，唾液作为反筛靶标，使用GO-SELEX技术。成功实现了夹心型侧向流动条生物传感器的应用，用于早期诊断牙周病。【韩国】
14 Liu, D. et al. Development and evaluation of a novel in situ target-capture approach for aptamer selection of human noroviruses. Talanta 193, 199-205, doi:10.1016/j.talanta.2018.09.084 (2019).
本文采用原位捕获的方法筛选诺如病毒的P粒子核酸适配体。原位结合，清洗，扩增，经过高通量测序，筛选出两条序列，证明可以用于临床样本检测。【负责作者 上海交大 王大鹏】
15 Yu, F. et al. Selection of aptamers against Lactoferrin based on silver enhanced and fluorescence-activated cell sorting. Talanta 193, 110-117, doi:10.1016/j.talanta.2018.09.063 (2019).
流式分选结合微珠来筛选乳铁蛋白的核酸适配体，多种蛋白作为反筛靶标。银十面体纳米颗粒用于信号增强。筛选了五轮。【负责作者 贺福初 许丹科】
16 Yang, L. et al. Development of a highly specific chemiluminescence aptasensor for sulfamethazine detection in milk based on in vitro selected aptamers. Sensors and Actuators B-Chemical 281, 801-811, doi:10.1016/j.snb.2018.10.143 (2019).
MB-SELEX在体外选择四种磺胺二甲嘧啶SMZ特异性适配体（Kd范围为79至274nM）。将开发的aptasensor应用于牛奶样品，取得了良好的准确性和精密度。【负责作者 王战辉 中农大】
17 Zheng, Y. et al. DNA aptamers from whole-serum SELEX as new diagnostic agents against gastric cancer. RSC Adv. 9, 950-957, doi:10.1039/c8ra08642g (2019).
通过使用胃癌血清和正常血清作为靶标和阴性血清。找到四个有特异性的适配体，质谱鉴定出可能的蛋白。这些适配体有望用于胃癌诊断。【燕山大学 huang baihai】
18 Wang, C. H., Wu, J. J. & Lee, G. B. Screening of highly-specific aptamers and their applications in paper-based microfluidic chips for rapid diagnosis of multiple bacteria. Sens Actuators, B Chem 284, 395-402, doi:10.1016/j.snb.2018.12.112 (2019).
筛选出三种抗生素抗性细菌（鲍曼不动杆菌，大肠杆菌和多药耐药性金黄色葡萄球菌）的适配体，在微流通道中可用于细菌检测。【台湾清华】
19 Futami, K., Kimoto, M., Lim, Y. W. S. & Hirao, I. Genetic Alphabet Expansion Provides Versatile Specificities and Activities of Unnatural-Base DNA Aptamers Targeting Cancer Cells. Mol. Ther. Nucl. Acids 14, 158-170, doi:10.1016/j.omtn.2018.11.011 (2019).
利用非天然碱基对，疏水的，认为能够增强亲和力。筛选出三种乳腺癌细胞系的aptamer，鉴定了获得的几个aptamer的特异性，并具有抗增殖特性，有两个适配体可以内化在癌细胞内。【新加坡】
20 Gao, S. et al. Development of a Fluorescently Labeled Aptamer Structure-Switching Assay for Sensitive and Rapid Detection of Gliotoxin. Analytical Chemistry 91, 1610-1618, doi:10.1021/acs.analchem.8b05094 (2019).
利用GO-SELEX筛选胶霉毒素的适配体，可以用于检测加标血清和尿样中的胶霉毒素。【负责作者 复旦吴继红，一作高顺祥】
21 Janas, T., Sapoń, K., Stowell, M. H. B. & Janas, T. Selection of Membrane RNA Aptamers to Amyloid Beta Peptide: Implications for Exosome-Based Antioxidant Strategies. Int J Mol Sci 20, doi:10.3390/ijms20020299 (2019).
筛选出与掺入含磷脂酰丝氨酸的脂质体膜中的Aβ42结合的RNA适配体，这些RNA适配体可以抑制有毒的淀粉样蛋白聚集体的形成。文章还提出了使用功能性外泌体的策略，载入对膜Aβ42特异的RNA适配体，以减少阿尔茨海默病和唐氏综合症中的氧化应激。【美国】
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