Seurat: slot
2023-08-31 本文已影响0人
LET149
@assays$RNA@counts: UMI matrix, 系数矩阵
@assays$RNA@data:未进行
normalize和scale: UMI matrix进行了
normalize但未进行scale: normalized UMI matrix进行了
normalize和scale: normalized UMI matrix用于寻找高变基因：
FindAllMarkers()；用的是normalize后的数据
@assays$RNA@scale.data: Normalized 再进行 scale 的结果；或者再进行过回归校正后的结果作用：用于
PCA分析
@assays$RNA@meta.features: 基因 (feature) 的统计信息此信息基于
normalized UMI matrix数据进行计算各列的含义：
vst.mean: 每个基因的mean
vst.variance: 每个基因的variance (方差)
vst.variance.expected: 根据vst.mean和vst.variance的回归曲线预测的单基因variance (方差)
vst.variance.standardized: 根据vst.mean和vst.variance.expected标准化后的单基因variance处理步骤：
Fits a line to the relationship of log(variance) and log(mean) using local polynomial regression (loess)
Standardizes the feature values using the observed mean and expected variance (given by the fitted line)
Feature variance is then calculated on the standardized values after clipping to a maximum (see clip.max parameter)
