hisat2的使用

#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3

利用hisat2 构建索引

extract_exons.py tabacco.gtf > tabacco.exons
extract_splice_sites.py tabacco.gtf > tabacco.ss
hisat2-build --exon tabacco.exons --ss tabacco.ss -p 6 tabacco.fasta tabacco

#带剪切位点数据建立索引非常耗内存，如果内存较小可以不加该数据
hisat2-build  -p 24 tabacco.fasta tabacco
#-p 线程数