3D百文2-Hi-C 研究现状与发展趋势

基于生物信息学的 Hi-C 研究现状与发展趋势

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基本技术

“(1)交联，用甲醛对细胞进行瞬间固定，使 DNA 与蛋白，蛋白与蛋白之间相互交 联；(2)酶切，利用 限制性内切酶(如 Hind III)对 DNA 进行切割，使交联 两侧产生粘性末端；(3)标记，修复切割末端，并用 生物素标记末端；(4)连接，使用 DNA 连接酶通过 平端连接切割末端生成嵌合分子；(5)解交联，” (吕 等。, 2020, p. 88)

一些概念

“矩阵元素为落入相应行和列交互区间的配对末 端序列片段的数量，称为交互频率” (吕 等。, 2020, p. 88)

“(interaction frequency, IF)，其值随着行和列之间距离的增加呈指数 衰减。” (吕 等。, 2020, p. 88)

主要分析方法

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“矩阵进行标准化，计算出行或列之间的皮尔逊相 关系数矩阵，此矩阵的热图呈现出深浅交替的格子 状模式(图 2B)，显示出两种不同结构特性的染色质 状态，即 A/B 区室，通过对矩阵的主成分分析，发 现第一主成分中的正负值区间信息分别对应 A/B 区 室，其数值与基因密度、转录因子结合位点以及组 蛋白标记等密切相关” (吕 等。, 2020, p. 90)

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