TBtools与abricate综合运用：毒力基因/耐药基因热图

首先安装好abricate和TBtools，abricate用conda:
conda install -c bioconda abricate
以十株NCBI数据库中的大肠杆菌的基因组数据，毒力基因数据库VFDB为目标数据库，运行:
abricate --db vfdb --threads 4 /mnt/d/ncbi/fna/*.fna > vf.result.tab
获得每一个大肠杆菌所携带的毒力基因，再运行：
abricate --summary vf.result.tab > vf.summary.tab
将所有菌株的毒力基因携带情况转化为一个presence/absence矩阵文件。
打开vf.summary.tab文件，删除表示数量的一列：

删除该列
将第一列第一格的“#FILE”改成“ID”，将该列下的文件路径删除，只保留菌株号：
首列改名后
将后面毒力基因下的所有缺失单元格的“.”替换成0，其他可以根据需要决定是否替换为“1”,之后保存该文件。
打开TBtools热图功能：
tbtools
把修改后的vf.summary文件拖进中间的大框中：
为了方便展示文件只保留一部分列数
点击start即可生成热图，可以在下方调节宽度等数据，lucky colour可以随机配色。 热图数据为展示只保留了一部分

以上就是运用TBtools和abricate来绘制毒力基因热图的一般步骤，耐药基因的话只是更换abricate分析时调用的数据库即可。

参考
abricate：https://github.com/tseemann/abricate
TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtools
菌株数据来源：National Center for Biotechnology Information (nih.gov)