复现Cell、Nature富集分析结果可视化-Fold enri

这种nature\Cell都在用的富集结果展示形式：

image.png
（reference：【1】Chen et al., 2020, Cell 182, 226–244 July 9, 2020 ª 2020 Elsevier Inc. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.012，
【2】https://doi.org/10.1038/s41591-023-02790-x）
一直想复现2020年这篇Cell文章的某些图，最近群里小伙伴@萌萌哒提供了另外一张图，其实对比一下，两篇文章分析可视化应该用的同一套体系。我们先从富集这幅图开始（对了，nature这篇文章提供了大多数的代码，粗略的，可以学习）。从文章提供的代码出图和文章最终的图差距很大，说明即使高分文章可视化也是需要靠后期的。这个富集图有两个需要实现的，一个是Fold Enrichment计算，因为很多文章富集出现这个参数，小伙伴经常咨询。还有这幅图的一种伪3D效果。原文描述富集分析使用的DAVID。
DAVID富集分析（https://david.ncifcrf.gov/home.jsp）：说实话，DAVID是一个优秀的在线富集分析工具，在我认知里面，好几年前因为各种数据挖掘或者一些帖子，使得口碑不好，但是对于非代码分析来说，这是一个很好的工具，他的数据库也在不断的更新，不像有些网站只是做出来了而已，然后没有了维护。而且很多高分文章依然在使用，值得使用！DAVID是直接计算提供了Fold enrichment值。
参考：https://mp.weixin.qq.com/s/1OBeuCtf5qcSplKXd1IMtg?token=971255988&lang=zh_CN

富集完成后，读取数据处理；

setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\富集分析可视化-fold enrichment-ggplot2伪3D点发光效果')
#读入down的富集结果
Down_rich <- read.table("Down_enrich_DAVIA.txt", header = T, sep = '\t',check.names = F)
Down_rich_top15 <- Down_rich[1:15,]
Down_rich_top15$Term <- sub("^.*~", "", Down_rich_top15$Term)
Down_rich_top15$group <- "Down"

#读入top富集结果
Up_rich <- read.table("Up_enrichment_DAVID.txt", header = T, sep = '\t',check.names = F)
Up_rich_top15 <- Up_rich[1:15,]
Up_rich_top15$Term <- sub("^.*~", "", Up_rich_top15$Term)
Up_rich_top15$group <- "Up"
# rm(Down_rich,Up_rich)

DAVID_rich <- rbind(Up_rich_top15, Down_rich_top15)#合并数据作图
colnames(DAVID_rich)[4] <- "Gene Ratio"

ggplot2作图：

ggplot(DAVID_rich, aes(x = -log(FDR),y=`Fold Enrichment`, color=group))+
  geom_point(aes(size=`Gene Ratio`))+
  # geom_point(aes(size=`Gene Ratio`),shape=21, color='black',stroke=1)+
  geom_point_blur(aes(blur_size = `Gene Ratio`/10, 
                      blur_steps=50), 
                  show.legend = F, color='#FFFFFF')+
  # scale_blur_size_continuous(range = c(1,5))+
  scale_size(range = c(4,12))+
  scale_x_continuous(limit = c(-10, 40))+
  scale_color_manual(values = c("#0F4DE4","#FF322F"))+
  theme_classic()+
  geom_text_repel(aes(label=str_wrap(Term,50), color=group),
                  size=4, fontface="italic", #标签设置，颜色、大小、字体、指示箭头设置
                  point.padding = 0.3, segment.color = 'black', 
                  segment.size = 0.5, force = 1, max.iter = 5e5)