网页版超好用神器03，外科医生也能用3分钟分析RNA-seq了！
作者：白介素2
国自然算是提交完了，白介素同学呢也得以抽身，有些可供自己支配的时间。所谓其申报国自然也有涯，而学也无涯！决定在本平台独家首发分享一个网页版神器系列，加上之前的两个，这个就暂且命名为03吧。 独乐乐不如众乐乐，把我的宝贝都分享了吧。
此前白介素同学写过一些关于 RNA-seq数据的网络分析神器，又名碉堡的神器系列，[https://mp.weixin.qq.com/s/v5grQFyxLbNvfIvI4TZqKQ],[https://mp.weixin.qq.com/s/A2WlrIV0uFgMoLUhcCkq3g]，私下还有小伙伴批评我用词不雅，这次就改称 网页版神器好了。还写过一期关于单细胞测序数据分析工具[https://mp.weixin.qq.com/s/AyomHD2B2Fd8JiHhi77eJg]，主要是集中了主流的分析软件。 但是，To our knowledge, 目前为止还没有关于单细胞测序数据分析的网页工具，这次白介素同学分享一个重磅网页版神器，这里的****RNA-seq, 不仅仅是RNA-seq, 还包括 scRNA-seq****，即小张老师们此前预言的2019****单细胞测序迎来大爆发[https://mp.weixin.qq.com/s/1W1Xpw9pJq5nPNbKsSS6QQ]。
不多说了，来欣赏一波进化版的网页神器吧，首先也是看下大体长啥样：
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这就是基本的界面了，非常简洁干净，嗯，深得白介素同学喜欢呀( "我就是喜欢简约大方呀，恭喜你选对了") 。 z下面进行操作演示了，由于操作都是一样的，于是白介素同学就直接选用单细胞测序数据进行测试了：
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然后咱们点击提交，具体时间要看你的数据量，数据量小的相对比较快，然后就进入了第二个分析界面，以及它所能完成的一系列秀操作了。
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好，下面开始正式秀操作了，包括样本相关性聚类图，PCA， MDS,以及最近非常流行的 tSNE，热图流行好久了，还有聚类，因为根本不需要多余的动作，点进去就能看，白介素同学就直接展示下看看有哪些图了。
样本相关性聚类图：
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流行很久的热图：
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某种不知名算法的聚类，具体细节就不多说了，感觉用的不是特别多，但是图还挺酷的：
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好，下面要敲黑板了！ WGCNA这种比较高级的分析[]， 据白介素同学所知，还没有见过哪个可以直接用网页工具点击做的吧？？ 但是， 咱这个能做，这就比较毒了吧？ 下面秀操作：
WGCNA的样本聚类图：
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WGCNA基因模块
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还有一个很漂亮的图，一般会放在论文里的，可以直接下载哈
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接下来的功能就是差异基因分析了，这个大家比较常规了，也大体展示下能得到哪些结果，白介素同学保证，操作绝对是简单得不能再简单了。
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下面坐等收获成果了，小样本比较快的。
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基本上到此为止，一套常规的分析就完成了，学习成本非常之低了! 白介素同学此前也说过，越来越多的网络轻工具在降低我们常规分析的门槛，帮助无生物信息背景的小伙伴分析数据，毕竟RNA-seq这样的技术方法已经飞入百姓家了嘛。 怎么样，3分钟感觉是差不多了哈。
本神器芳名IRIS-EDA ，关于本网页版神器的学术论文发表在 PLoS Comput Biol 杂志。
附上参考文献：
Monier B, McDermaid A, Wang C, Zhao J, Miller A, Fennell A, et al. (2019) IRIS-EDA: An integrated RNA-Seq interpretation system for gene expression data analysis. PLoS Comput Biol 15(2): e1006792. [article]
题外话
说句题外话，上期的关于：如何显示代表论文参考文献的全名？[https://mp.weixin.qq.com/s/A5FnaqhVh_QS80xkANfx9A] 如何用endnote显示代表论文的全名？
• 感谢 政委霄同学提供的方法是显示全部作者，这个不是上期的核心问题，我们的要求是解决 ：作者姓名的全称 , 例如： Xiao Zhengwei
• 感谢 Laobai同学提供链接，测试了一下，没有达到预期效果，不知道具体操作，是否只有重新导入的参考文献有效吗？
• 回复 不知道改成什么呢：accepted。
白介素同学祝大家学习愉快! 下期预告：网页版神器系列****04
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