软件安装和环境变量
基本的安装软件
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先了解一下基本方法，之后就用conda
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分为几类
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第一类是二进制可执行程序，google找到软件下载地址，
wget，解压即可 -
第二类C源码程序，需要编译，一般是
./configure,make,make install或者直接make，但是非常容易报错，比如作业题第11题，在下载samtools之后，为了编译和安装我先后装了gcc，zlib，libbzip2，每一个的装法还都不太一样，这个时候已经濒临崩溃了，但是系统残忍地告诉我，还是缺库。看来conda真是个好东西。 -
遇到的一些安装代码：
sudo apt-get installyum install``wget
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另外我注意到Jimmy老师的 生物信息学常见1000个软件的安装代码！中经常出现这样的配置方法：
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin，而不是简单的./configure。一查才知，--prefix选项是配置安装的路径，如果不配置该选项，安装后可执行文件默认放在/usr/local/bin，库文件默认放在/usr/local/lib，配置文件默认放在/usr/local/etc，其它的资源文件放在/usr /local/share，比较凌乱。而设置该选项就可以把所有文件放进指定路径，使用和卸载都更方便。 -
安装之后，为了调用方便，可以
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把绝对路径赋值给一个变量，然后用
$变量名调用 -
alias 变量=绝对路径，这样可以不加$调用 -
放进环境变量：
echo 'export PATH=/home/user/biosoft/myBin/bin:$PATH' >> ~/.bashrc。相当于把export PATH="$PATH:绝对路径"这句话放到.bashrc的末尾。最后source ~/.bashrc使更改生效
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另外的一些点
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平时调用的
ls其实不是他本来的样子，而是自动补加了选项--color=auto -
.bz2文件用tar xvfj解压（这个可以在有需求的时候google）
学习软件的用法
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首先找到example，里面会有示例数据
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然后看帮助文档中的usage，看多了就容易看懂
包管理工具
- 从复杂的依赖关系中解脱出来
conda
优点
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第三方软件齐全，安装方便
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多环境管理，避免冲突
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不需要权限
基本命令
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添加镜像源：
conda config -add conda config --show -
查看已有环境：
conda env -info -
搜索：
conda search -
创建新环境：
conda create -n env_name -prefix python=2 bwa -
删除环境：
conda remove -n env_name -all -
conda cheatsheet
下载和安装conda
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非常不幸，19年4月清华和中科大的镜像先后挂了，好在我有VPN，官方源下载依旧很快
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找到下载链接，
wget -
bash -
是否加入环境变量，选择加入
使用conda
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添加频道（镜像）
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首先执行
conda config --set show_channel_urls yes，生成~/.condarc文件； -
然后用vim把里面的内容替换成下面这段话：
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<pre spellcheck="false" class="md-fences md-end-block ty-contain-cm modeLoaded" lang="" cid="n82" mdtype="fences" style="box-sizing: border-box; overflow: visible; font-family: var(--monospace); --select-text-bg-color: #36284e; --select-text-font-color: #fff; font-size: 0.9rem; line-height: 1.71429em; display: block; break-inside: avoid; text-align: left; white-space: normal; background-image: inherit; background-position: inherit; background-size: inherit; background-repeat: inherit; background-attachment: inherit; background-origin: inherit; background-clip: inherit; background-color: rgb(218, 218, 218); position: relative !important; margin-bottom: 3em; margin-left: 2em; padding-left: 1ch; padding-right: 1ch; width: inherit; color: rgb(31, 9, 9); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;">channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
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https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud</pre>
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搜索看看想装的软件是否可用
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conda search 软件名 -
或者在bioconda搜索来看看这个软件是否存在
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先搞个小环境保险
conda create -n 环境名 python=2 bwa这一步完成了创建小环境-安装python2-安装bwa三个操作 -
常规安装
conda install 软件名，可以加-y参数，一会儿就不用确认安装了 -
指定安装版本
conda install 软件名=版本号 -
以后再进入这个子环境
conda activate 环境名 -
退出当前环境
conda deactivate -
不在安装软件的环境内，如何调用软件？软链接！
ln -s ~/miniconda3/bin/软件名 ~/.local/bin
环境变量
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查看当前环境变量
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env -
export
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显示变量值：
echo $变量名 -
PATH存放命令的查找路径 -
HOME家目录位置 -
SHELL当前使用的shell环境 -
RANDOM显示随机值 -
export可以创建环境变量 但如果要每次重启都保留需要修改配置文件~/.bashrc
