2019-08-09 docker conda
下载一个docker conda ， 也可以从ubuntu 进行
进入镜像
docker run -it --name "ubuntu_nong" -v /home/nbt2/docker/docker_dat:/docker_dat --privileged nong/ubuntu_conda_r /bin/bash
conda create -n lncRNA --clone /home/nong/miniconda3/envs/lncRNA/
docker 真的很棒！
之前介绍过用docker安装RNAcocktail了
docker source
参考：http://blog.csdn.net/samxx8/article/details/38946737
docker 是。。。
要安装和配置docker前提你必须有root的权限！
安装
#centos
sudo yum -y install docker
#ubuntu
sudo apt install docker docker.io
#测试
service docker start
docker run hello-world
镜像源
选个国内的镜像提升下载速度
https://www.docker-cn.com/registry-mirror
我使用的是阿里云的加速器，速度超快的！
https://dev.aliyun.com/search.html
将一般用户加入docker
docker 默认只能由root运行。将一般用户加入docker组即可
#创建docker组,一般自己就有
sudo groupadd docker
#将当前用户加入docker组，或者其他用户
sudo gpasswd -a ${USER} docker
#重新启动docker服务（下面是CentOS7的命令）
sudo systemctl restart docker
#当前用户退出系统重新登陆
#运行docker命令
docker ps
docker 使用
安装RNAcocktail 软件集合
docker pull marghoob/rnacocktail
运行方式有多种，这是交互模式
docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t -v /public1:/public1 5aef8cc6eabd run_rnacocktail.py align -h
docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t -v /data4:/data4 -v /data5:/data5 5aef8cc6eabd
51a11dbcbbc2 是容器ID
之后是你要运行的命令，如果不带命令，就直接进入交互模式。
要注意的时，运行docker的时候，你是进入了一个容器(container)里面，就是另一个世界，完全一个新的环境， 而且你的当前目录也变了！
这里的-v /public1:/public1是把现实世界的/public1目录映射到容器里面生成/public1。
你运行程序的输入输出都要加绝对路径，或者在cd到你想运行的目录，否者你当程序运行结束，退出容器回到原来世界（环境）的时候，你找不到运行结果！
简化命令
当然是alias
vim /etc/profile
加入下面这行
alias docker_rnacocktail="docker run -a stdin -a stdout -a stderr -i -t "
以后运行命令就是
docker_rnacocktail -v /public1:/public1 51a11dbcbbc2 run_rnacocktail.py align -h
还是有很多命令，docker必须把image ID（51a11dbcbbc2）放在参数后面， 没办法！
安全问题
我下载的这个RNAcockt 镜像运行时的root，即进入这个容器时，你在那个环境里是root，这样很危险！所以我再RNAcocktail的基础上改装成新的镜像，在运行时是非root用户！
Dockerfile 生成新镜像（images）
vim Dockerfile
FROM b29cb6c43221
MAINTAINER Nong "523135753@qq.com"
RUN useradd -m -d /home/nong -s /bin/bash -b /home/nong nong
RUN /bin/echo 'nong:123456' |chpasswd
RUN /bin/echo 'root:123456' |chpasswd
USER nong
note：新镜像就是创建了一个普通用户（RUN），并使用普通用户为默认用（USER），
生成镜像
docker build -t docker.io/marghoob/rnacocktail:mytag .
将container 的内容生成镜像
参考这篇文章：http://blog.csdn.net/jiankunking/article/details/62056392
进入一个docker，记住进入后的docker id 961bcbc2bc85，然后修改。
exit， 退出后修改命令
docker commit -m 'fix hisat2_jun2bed.py and unmask' -a 'Docker rnacocktail' 961bcbc2bc85 marghoob/rnacocktail:fixed
其中，-m 来指定提交的说明信息，跟我们使用的版本控制工具一样；-a 可以指定更新的用户信息；之后是用来创建镜像的容器的 ID；最后指定目标镜像的仓库名和 tag 信息。创建成功后会返回这个镜像的 ID 信息。
参考：
http://www.runoob.com/docker/docker-image-usage.html
http://blog.csdn.net/yygydjkthh/article/details/47694929
http://www.simapple.com/374.html
进入docker
容器（即一个应用环境）：
用镜像建立一个容器，就可以得到一个应用环境工作了。
创建运行一个容器并进入容器shell：sudo docker run -i -t <image name> /bin/bash
根据当前目录Dockerfile文件构建容器：docker build -t <image name> . #Dockerfile 可以理解为一个容器的配置文件。
查看容器列表及状态：sudo docker ps -a
查看容器id: docker ps -a -q
删除所有未运行的容器:docker ps -a -q | xargs docker rm
删除一个容器：sudo docker rm <container id>
删除所有容器：docker rm $(docker ps -q -a)
启动一个容器：sudo docker start <container id>
停止一个容器: sudo docker stop <container id>
关联一个容器：sudo docker attach <container id> #其实我的理解就是进入这个容器的shell ,并操作它。
进入 容器还有一个方法 docker exec -ti <container id> /bin/bash
多人进入docker
https://www.cnblogs.com/xhyan/p/6593075.html
更改时区
cp /usr/share/zoneinfo/Asia/Shanghai /etc/localtime
docker 本地导入导出
https://www.cnblogs.com/ksir16/p/6553851.html
用Docker解决坑爹的环境搭建系列——lamp(php5+mysql+apache2)
安装conda
conda install -y python=3
conda update conda
conda clean --all --yes
conda source
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
pip install fire pysam
pip install python-intervals
conda install biopython
apt-get autoclean
apt-get -qq -y autoremove
vim ~/.Rprofile
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
生成镜像
记住 container ID
image.png
docker commit -m 'basic R conda' -a 'Docker conda R' 3bee6f97a695 nong/ubuntu_conda_r:20190810
新建一个dockerfile 配置环境
vim Dockerfile
FROM nong/ubuntu_conda_r:20190810
MAINTAINER Nong "523135753@qq.com"
RUN umask 0000
USER nong
ENV PATH="/home/nong/miniconda3/bin:${PATH}"
USER 说明镜像要用那个用户，
生存docker镜像
docker build -t nong/ubuntu_conda_r:latest .
docker save nong/ubuntu_conda_r:latest > nong.ubuntu_conda_r.latest.docker
## docker export -o .nong.ubuntu_conda_r.latest.docker containerID
转换为singularity
mkdir -p /tmp/test
docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /tmp/test:/output \
--privileged -t --rm \
singularityware/docker2singularity \
--name nong_ubuntu_conda_r_latest \
nong/ubuntu_conda_r:latest
mv /tmp/test/nong_ubuntu_conda_r_latest.simg .
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster main non-free contrib
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-updates main non-free contrib
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-backports main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-updates main non-free contrib
deb-src http://mirrors.ustc.edu.cn/debian/ buster-backports main non-free contrib
deb http://mirrors.163.com/debian-security/ buster/updates main non-free contrib
deb-src http://mirrors.163.com/debian-security/ buster/updates main non-free contrib
apt-get clean all
apt-get update
