【原创】htseq工作日记和输出结果2018-10-12

工作日记 输出结果

我看到这个结果一脸蒙蔽。。。。

决定把这个ENSG号转化为基因名，结果发现很麻烦～

于是再用htseq-count -h 查询，发现人家明明可以输出基因名。

--additional-attr ADDITIONAL_ATTR [ADDITIONAL_ATTR ...]

                        Additional feature attributes (default: none, suitable

                        for Ensembl GTF files: gene_name)

以及可以不用看糟心的工作日记

 -q, --quiet          suppress progress report

htseq-count --additional-attr=gene_name -s no -r pos -f bam ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155_sorted.bam ~/rna_seq_analysis/human_genome/gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3 > ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155.count