学习小组Day3笔记--尹露茜

学习到第三天，不得不说，这样的学习方式真的很棒
教程非常详尽，知识又让人尝到甜头
唯一焦虑的是，突然觉得生信这条路，走下去真的长
对自己能成为生信高手感到不自信了
有人扶着学步真的很安心，期待自己能尽早独立跑跳
谢谢领路人。

• Linux环境下的软件安装
• conda--“linux的应用商店”
• 安装和配置miniconda

• yum install -y bzip2

*   cd biosoft
*   wget 复制的下载链接
*   安装 bash [Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh](http://miniconda3-latest-linux-x86_64.sh/)
*   激活 source ~/.bashrc
*   添加镜像
    *   # 使用清华镜像
    *   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yes

• 使用conda

• conda list #查看当前所有软件列表

*   conda search fastqc #搜索软件 【这里以数据质控软件fastqc为例】
*   conda install fastqc -y #安装软件 加上-y是自动安装
*   conda remove fastqc -y #卸载软件

• conda 环境

• conda info --envs #查看当前conda有哪些环境

*   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #处理转录组
*   conda activate rna-seq #激活新的conda环境
*   conda remove -n rna-seq fastqc -y #卸载环境中的某个软件
*   conda deactivate #退出当前环境
*   conda remove  -n rna-seq --all #卸载环境

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