使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffo
2021-04-22 本文已影响0人
生物信息与育种
需求
已知某基因组序列，染色体或scaffold ID顺序不定，想要对其按数字排序。
image.png
原顺序：
image.png
想要的排序结果：
image.png
实现
使用bioawk，没有的话conda直接安装。
bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa | \
sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa
