单细胞转录组测序可用于 ：

1 探索组织中存在哪些细胞类型
2 识别未知/稀有的细胞类型或状态
3 阐明分化过程中或跨时间或状态的基因表达变化
4 识别在不同条件（例如治疗或疾病）下特定细胞类型中差异表达的基因
5 探索细胞类型之间的表达变化，同时纳入空间、调控和/或蛋白质信息
有个教程
https://www.jianshu.com/p/e3e015a97812

基因表达矩阵

移除批次效应

过滤低表达基因

PCA TSNE

标准化

聚类

KEGG富集分析

蛋白网络分析

发育轨迹分析

单细胞数据标准流程：

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单细胞转录组数据分析教程

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储

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