注释和富集R

加载R包org.Hs.eg.db出错,避坑指南!

2021-06-27  本文已影响0人  生信交流平台

前面我们讲到的GO和KEGG富集分析都会用到org.Hs.eg.db这个包

☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

org.Hs.eg.db这个包还可以用来做基因ID转换

【R语言】基因ID转换

但是今天加载这个包的时候莫名奇妙的报错了,小编很方

library(org.Hs.eg.db)
Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details:
  call: l$contains
  error: $ operator is invalid for atomic vectors

网上查找了一下,发现居然有很多人都遇到过同样的问题。今天小编就把网上找到的解决方法共享给大家,希望大家以后能少踩点坑。

第一种方法

#手动设置环境变量
options(connectionObserver = NULL)

但是这种方法,每次都要运行这一行

第二种方法,彻底解决这个问题

#安装旧版本RSQLite
install.packages("remotes")
remotes::install_version("RSQLite", "2.2.5")

装好之后,就再也不用运行options(connectionObserver = NULL),跟以前一样的顺滑。

加载R包org.Hs.eg.db出错,避坑指南!

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