论文生物信息学

文献阅读技巧

2018-12-04  本文已影响162人  xiaosine

技巧1

知名数据库
System、Academic Search Premier、ProQuest Education Journals、JSTOR。都是比较好的文献数据库。国内的话。。一般就选择看知网里面的硕士论文(英文版),博士论文太长了orz
收集自己领域权威的杂志

好文章之所以优秀,是因为它有充分的立论依据,慎密的研究设计,详尽的数据分析,丰富的探讨推论,随之而来的就是长篇幅,英文水平有限的话就更是吃力。
如何高效地阅读文章,取决于我们想从文章中获得什么。换句话说,这视阶段而定。

l 摘要这个短小精悍五脏俱全的部分为我们准备了提问的空间,带着问题往下看,会有一连串的收获和发现。
l 只要想到了什么,立即记下来,就写在给你想法的句子或段落旁边的留白处,或利用PDF阅读器的批注功能。
为自己的想法分类:哪些是对文章的质疑、哪些是对论述的补充、哪些是顿生的灵感、哪些是费解和困惑(通过选择不同的批注图形、标签样式、或批注颜色来实现)。此外,还可把文章中一些重要的观点、方法、包括看不懂的地方和疑问等集中记录在一个文档里。
这样做有两个好处:
其一,便于快速回顾,消化阅读的内容,扩展以后的阅读方向;便于厘清思绪,冒出好想法。
其二,在第二次阅读时能提前知道这篇文章的情况,上一次我看了些什么,收获了什么,减少重复浏览。

用自己的话概括和梳理文献 及时回顾
心得和经验:我现在每天还保持读至少2-3篇的文献的习惯。读文献有不同的读法,但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么,否则就是白读,读的时候好像什么都明白,一合上就什么都不知道,这是读文献的大忌,既浪费时间,最重要的是,没有养成良好的习惯,导致以后不愿意读文献。

回顾重要内容

每次读完文献(不管是细读还是粗读),合上文献后,想想看,文章最重要的take home message是什么,如果不知道,就从abstract, conclusion里找,并且从discuss里最好确认一下。这样一来,一篇文章就过关了。take home message其实都不会很多,基本上是一些concepts,如果你发现你需要记得很多,那往往是没有读到重点。

扩充知识面的读法

重点读introduction,看人家提出的问题,以及目前的进展。类似的文章,每天读一两篇,一个月内就基本上对这个领域的某个方向有个大概的了解。读好的review也行,但这样人容易懒惰。

为了写文章的读法

读文章的时候,尤其是看discussion的时候,看到好的英文句型,最好有意识的记一下,看一下作者是谁,哪篇文章,哪个期刊,这样以后照猫画虎写的时候,效率高些。比自己在那里半天琢磨出一个句子强的多。当然,读的多,写的多,你需要记的句型就越少。其实很简单,有意识的去总结和记亿,就不容易忘记。

学术牛人2:根据文献重要程度编号 精读综述和摘要一、先看综述先读综述,可以更好地认识课题,知道已经做出什么,自己要做什么,还有什么问题没有解决。对于国内文献一般批评的声音很多。但它是你迅速了解你的研究领域的入口,在此之后,你再看外文文献会比一开始直接看外文文献理解的快得多。而国外的综述多为本学科的资深人士撰写,涉及范围广,可以让人事半功倍。二、有针对地选择文献针对你自己的方向,找相近的论文来读,从中理解文章中回答什么问题,通过哪些技术手段来证明,有哪些结论?从这些文章中,了解研究思路,逻辑推论,学习技术方法。1、关键词、主题词检索:关键词、主题词一定要选好,这样,才能保证你所要的内容的全面。因为,换个主题词,可以有新的内容出现。2、检索某个学者:查SCI,知道了某个在这个领域有建树的学者,找他近期发表的文章。3、参考综述检索:如果有与自己课题相关或有切入点的综述,可以根据相应的参考文献找到那些原始的研究论文。4、注意文章的参考价值:刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的。三、如何阅读文献1、注重摘要:摘要可以说是一个论文的窗口。多数文章看摘要,少数文章看全文。真正有用的全文并不多,过分追求全文是浪费,不可走极端。当然只看摘要也是不对的。多数文章题目、摘要简单浏览后,直接把几个Figure及Title与legend一看,一般能掌握大部分。2、通读全文:读第一遍的时候一定要认真,争取明白每句的大意,能不查字典最好先不查字典。因为读论文的目的并不是学英语,而是获取信息,查了字典以后思维会非常混乱,往往读完全文不知所谓。可以在读的过程中将生字标记,待通读全文后再查找其意思。3、归纳总结:较长的文章,容易遗忘。好在虽然论文的句子都长,但每段的句数并不多,可以每一段用一个词组标一个标题。4、确立句子的架构,抓住主题:读英文原版文献有窍门的。我们每个单词都认识读完了却不知他在说什么,这是最大的问题。在阅读的时候一定要看到大量的关系连词,他们承上启下引领了全文。中国人喜欢罗列事实,给出一个观点然后就是大量的事实,这也是中文文献的特点,我们从小都在读这样的文章,很适应。西方人的文献注重逻辑和推理,从头到尾是非常严格的,就像GRE里面的阅读是一样的,进行的是大量重复、新旧观点的支持和反驳,有严格的提纲,尤其是好的杂志体现得越突出。读每一段落都要找到他的主题,往往是很容易的,大量的无用信息可以一带而过,节约你大量的宝贵时间和精力。5、增加阅读量:由于刚刚接触这一领域,对许多问题还没有什么概念,读起来十分吃力,许多内容也读不懂。后来随着阅读量的增加,最后可以融汇贯通。所以,对新手而言,应当重视阅读文献的数量,积累多了,自然就由量变发展为质变了。四、提高阅读的效率1、集中时间看文献:看文献的时间越分散,浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来,形成整体印象。2、做好记录和标记:复印或打印的文献,直接用笔标记或批注。pdf 或html格式的文献,可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段,否则等于没看。3、阅读顺序:根据阅读目的选择合适的顺序。一般先看abstract,introduction,然后看discussion,最后看result和method(结合图表)。

那么如何才能充分读懂一篇论文呢?一.充分利用论文的AbstractAbstract往往包含这么几个最基本也是最重要的元素1.这篇文章研究了什么(为什么研究这个)2.采用了什么方法(为什么采用这个方法)3.得到了什么结果(结果好在哪里)通过摘要,你可以得到的信息有:1.这篇文章与我的研究内容是否相关?2.采用的方法是否新颖,我是否感兴趣?3.他的结果,是我想要的么?以上三个问题,可以变化你阅读论文心中所带的问题,即:1.他是如何把这种方法运用到这类问题中的?(学习)2.它的结果完美么?是否是充分必要的?保守性强不强?有没有可以改进的地方?(总结+反思)所以,阅读论文的Abstract,实际是你为阅读论文所做的最重要的准备工作,带着问题去读论文才最有效率,万万不可跳过Abstract。二.如果你是第一次接触某领域,请认真阅读每一篇论文的IntroductionIntroduction部分包含的信息有:1.此问题的由来(历史)2.此问题在全世界内的研究进展(现状)3.引申出作者的研究动机所以,Introduction部分可以理解为一篇简单的该领域内的文献综述,众所周知,一篇好的文献综述是研究者进入某一领域最好的教科书,所以,如果你是第一次接触某领域,还请认真的阅读每篇论文的Introduction,你可以详细的了解到你所研究问题的来龙去脉,以及如今的进展,这是你爬上巨人肩膀的梯子。当然,如果你已经读过很多这一领域内的文献,对其历史与现状比较了解,大可跳过这一章节,实际上Introduction部分也是读起来最枯燥乏味的部分,尤其是英文的。而且相关的文章的Introduction也都大同小异。这里啰嗦一句:如果你真的想对你的研究领域有个深入的了解,最好还是自己搜索一下近3-5年内相关的文章,自己总结一篇文献综述,写得好的话,没准儿还可以拿去投投稿哦~三.Main results读不懂怎办?做笔记!还读不懂?那不读!Main results是一篇论文的主体,所有精华都聚集于此,而且,越是好的论文,这一部分就越难读懂。读这一部分最费时,所以,我建议读者还是采用一点投机取巧的办法:先去看Simulation examples。理工科的学术论文的这一部分,主要是本篇论文所述内容的实际应用,大家可以先看这一部分,以甄别本篇论文对我是否有用,如果真的有用,那么大可放下心来仔细读读他的主题,如果最终发现他的结果并不完美,没什么借鉴之处,那么也就不必浪费那个时间了。此外,很多说的神乎其神的东西最终运用起来也就是那么一回事,这样是有助于我们去理解作者的方法与结果的。读Main results这一部分,时常有智商被碾压的感觉,比如”他怎么就想到这么变形的...“”他怎么知道用这个方法的...“最悲剧的是,作者时常回写一句”obviously(显然可得)“,然后巴拉巴拉一大堆毫不相关的东西,我去!哪里显然了!难道我是个傻X吗?!嗯...没办法,既然跟作者比起来我是个傻X,那我就用傻X的方法吧,俗话说勤能补拙,读不懂,我就一笔一笔的写下来。Main results读起来会有这样的感觉:读到一半,居然忘了自己在看什么,忘了自己为什么要读这篇文章,忘了他到底在证明些个什么东西,还有就是每个环节都懂了,最后连在一起还是不懂...那么说明你的大脑已经跟不上伟人的脚步了,你需要一杆笔和一张纸。读一点,就在纸上做一点笔记,有问题标记出来,读完一遍之后回头看这些问题,或去查资料,或去请教老师,然后再读一遍论文,一篇好的论文,值得你去来回读个至少五遍的。四.还是读不懂,怎么办?找它老子去所有论文的研究方法都不是凭空”嗖~“的一下出现的,它也有它的来源,有它的发展轨迹,那它的发展轨迹去哪里找?在作者之前的论文里。如果这片文章你无法理解,可以去搜一下此作者(通常是第一、第二作者)之前的文章,嗯...我知道,谷歌学术被禁带来了很大不便...但是没办法...去各大数据库看看,去翻翻墙,总有办法的...在你把这篇文章第一第二作者近5年的文章都统统找出来之后,你最好按照时间顺序,由远及近的读下来,跟着作者的思路,一步一步的前进,整理下来,记在纸上(别对自己的记忆力这么自信,请一定要写下来!)五.别忽略References这东西写在这儿不是为了凑页数的(尽管很多学术论文里的确有这个作用...)可以参照前面的第四点,当你无法理解这篇论文的话的时候,除了去找这位作者之前的文章,引文也是值得利用的。一篇小论文的参考文献一般在20篇左右,这里有很大一部分是Introduction部分所引用的,价值不大,抛去Introduction部分引述的文献,真正对理解文章内容有帮助的往往不超过5篇,可以把这些文字下载下来,好好看看,感兴趣还可以去找这些引文的作者等等等等,怎么样,是不是有种大坝决堤,论文如洪水般涌来的赶脚了?嘿嘿,放心,挺过这次洪水,你就成了这一领域内的一个小专家了。六.关于如何选择合适的论文我的建议是,如果你是刚刚接触这一领域,可以先去找一篇好的文献综述来读,如果找不到,可以读一读其他论文的Introduction部分(因为真的很少有人愿意写文献综述这种东西,费时费力,然而它有的确是入门者最好的选择,唉...尴尬),前面已经说过了,这里就不废话啦。选择论文,最好失去选顶尖期刊的文章,质量有保证,至少也要是国际会议的。国内会议的,以及一些野鸡期刊刊登的东西,还是不要看了。

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