【Cytoscape网络图绘制】摸索入门篇

2020-09-18 本文已影响0人 Geekero

这个软件就是为了绘制网络关系图，圈图等等酷炫的图片，例如这样：

Cytoscape官网

一、配置环境和安装

安装Java 11

Java 11下载地址

Java11安装教程
无脑点击安装，我这里手动改到安装在D盘，而非默认的C盘

环境变量配置
进入环境变量配置界面：电脑->右键属性->高级系统设置->环境变量

添加JAVA_HOME变量：

添加path变量的值:

打开cmd界面，输入java验证

二、安装Cytoscape

官网下载不了，让朋友发了我一个

安装成功打开：

三、绘图

3.1 构建输入文件

其实这种网络图，要的就是一个边EDGE,和节点node的信息（每列按tab分割符分割）

从pySCENIC的regulon打分矩阵中提取需要的信息：

regulons = [r.rename(r.name.replace('(+)','')) for r in regulons]
edge = [{r.name:list(r.gene2weight.items())} for r in regulons]

#寻找score最大的基因和得分
line = []
regulon_dict = dict()
for item in edge:
    regulon = item.keys()
    regulon = list(regulon)[0]
    record = dict()
    best_score = 0
    for group in item[regulon]:
        gene, score = group[0], group[1]
        if score > best_score:
            regulon_dict[regulon] = {gene:score}
            best_score = score
#写入文件
with open('/share/nas1/Data/Users/luohb/Personalization/paper/07.Cytoscape/edge.tsv', 'w') as f:
    f.write('regulons\tgene\tscore\n')
    for item in regulon_dict.items():
        regulon = item[0]
        group = item[1]
        gene, score = list(group.keys())[0], list(group.values())[0]
        row = '{}\t{}\t{}\n'.format(regulon, gene, score)

        f.writelines(row)

导入到R中筛选每个regulon的top10基因（Python有点麻烦）

edge<-read.table('edge.tsv', sep='\t',header=T)
top10.edge = edge %>% group_by(regulons) %>% top_n(n=10,  wt = score)
write.table(top10.edge, file='top10.edge.tsv', sep='\t',quote=F, col.names=T,row.names=F)

文件1： EDGE文件：记录节点关系信息和边的宽度信息

列的排列位置不重要，因为导入到Cytoscape可以选择

文件2: Node文件：记录每个节点的分组信息（不同的分组颜色）

3.2 Cytoscape可视化

导入EDGE文件：
导入Node文件