bam2bw,上传ucsc可视化

2018-08-12  本文已影响0人  547可是贼帅的547

首先用tophat,hisat等比对软件生成BAM文件
然后用deeptoos转化

deeptools Installation

conda install -c bioconda deeptools

bamCoverage 转化为bw文件

samtools index -@ 24 accepted_hits.bam
bamCoverage -b accepted_hits.bam -o SRR2064456.bw -p 24
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