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2019-03-15 本文已影响17人
溪溪溪溪溪川
1.基因家族分析专题
• 基因家族概念
• 数据库检索与成员鉴定
• 蛋白成员基本特性和基因结构分析
• 多序列比对和进化树分析
• 保守结构域和模体分析（motif注释）
• 染色体定位和共线性分析
• Ka/Ks(非同义突变率与同义突变率的比值)计算
• 顺式调控元件分析
2.RNA-seq专题
• 分析流程
• 相关名词
• 原理
• 实验室平台，连接服务器及注意事项
• 数据下载：Aspera
• SRA数据转换：SRA Toolkit
• 质控：FastQC, MultiQC
• 过滤去接头：Trimmomatic, Trim_galore, cutadpter
• 比对：hisat2, STAR（gtf gff3）
• 转换和比对后QC：samtools, qualimap, ResQC
• samtools安装
• 基因表达量counts：featureCounts(counts), stringtie(counts or TPM、FPKM)
• 差异比较分析：DESeq2 and edgeR
• GO和pathway富集分析(气泡图,条形图)，KEGG
3.lncRNA学习笔记
CPC2
CPRT
CNCI
Pfam
4.可变剪切分析
rMATs安装及使用
其他软件Asprofiles等
5.嫁接移动mRNA鉴定学习笔记
6.服务器管理维护
又买了一个服务器
全局软件
不同软件版本调用
conda安装及使用
apt-get
python包安装 较麻烦
