外泌体数据库|| Vesiclepedia 2024版本更新

Vesiclepedia是一个免费的基于网络汇编数据库，包含与细胞外囊泡(EV)和细胞外颗粒(EPs)相关的DNA, RNA，蛋白质，脂质和代谢物数据。

EVs是一种膜状囊泡，从古细菌到真核生物的所有生命领域的细胞都无处不在地分泌EVs。除EV外，最近有报道称，一些哺乳动物细胞也分泌EPs，如外泌颗粒（exomeres）和超粒（supermeres）。EV和EPs都含有蛋白质、核酸、脂质和代谢物，并被认为与几种关键的生物学功能有关。

Vesiclepedia收录了已发表和未发表的研究中的蛋白质、DNA、RNA、脂质和代谢物：

• 目前，Vesiclepedia包含来自3533个EV研究、50550个RNA条目、566911个蛋白质条目、3839个脂质条目、192个代谢物条目和167个DNA条目的数据。
• Vesiclepedia收录了47项EV研究中62 822项的定量数据。
• Vesiclepedia中可用的数据集可以作为选项卡分隔的文件下载，也可以通过基于funrich的Vesiclepedia插件访问。

官方网址： http://www.microvesicles.org

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囊泡种类

图A：基于其生物发生途径的EV亚型
图B：根据操作条件和Size的分类

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数据库操作

• 该网站允许用户查询或浏览数据库，以及免费下载整个数据作为tab分隔的文件。
• 在查询基因或浏览EV研究时，用户可以获得有关基因摘要、使用的EV分离方法、浮选密度(如果提供)、EV亚型和样本来源的额外信息(图2)。
• Vesiclepedia中编目的数据要么通过作者提交数据集的社区注释获得，要么通过手工整理文献获得。
• 虽然存在外泌体或小型EV特异性数据库，如ExoCarta数据库，但Vesiclepedia (http://www.microvesicles.org)包含EV亚型和EPs的货物。

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查询方式

A：通过输入基因符号、基因名称或miRNA名称搜索蛋白质/miRNA，检索所有相关实验细节
B：通过在可搜索的下拉菜单中输入脂质名称来搜索感兴趣的脂质，以检索实验细节。
C：对于DNA，使用可搜索的下拉选项来检索实验细节

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截止2023年11月，数据库收集数据如下：

我们可以看到数据库新收录了外泌体DNA数据进来！！！
此外，Vesiclepedia中的数据可以通过下载页面或FunRich富集分析工具(http://www.funrich.org)以tab键分隔的文件形式免费获得。

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文献信息：

Nucleic Acids Res. 2023 Nov 11:gkad1007. doi: 10.1093/nar/gkad1007
Vesiclepedia 2024: an extracellular vesicles and extracellular particles repository