motif分析发现chr不对时

注意：这其实是gtf等注释文件的锅，但是有时候很容易让分析进行不下去，因此注意你的染色体是不是chr

motif寻找及注释

创建08_hommer_motif.sh 文件
忘记自己macs2是什么版本了，但是我这里很明显它生成的染色体这一列只有一个数字而不是chr1等这种形式，因此需要改变一下,注意下面的awk那行中的chr

归根结底还是要看文件内容，不能盲目跑

# mkdir -p  ~/project/atac/motif
cd   ~/project/atac/motif
# source activate atac
ls ../peaks/*.narrowPeak |while read id;
do
file=$(basename $id )
sample=${file%%.*}
echo $sample 
awk '{print $4"\t""chr"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' $id > ${sample}.homer_peaks.tmp
nohup findMotifsGenome.pl ${sample}.homer_peaks.tmp  mm10 ${sample}_motifDir -len 8,10,12  &
done