课前准备--依据空间微环境划分细胞亚群
2025-07-14 本文已影响0人
单细胞空间交响乐
作者，Evil Genius
课程马上要进入单细胞级别空转的分析阶段了，又要准备很多的内容了。
其中王凌华教授的那个文章如何划分CAFs亚群的方法大家还记得么？
计算了每个CAF周围80μm半径范围内的细胞组成（即"邻域向量"），通过非负矩阵分解（NMF）进行空间模式提取，最终鉴定出四种空间特征迥异的CAF亚型：s1-CAFs、s2-CAFs、s3-CAFs和s4-CAFs（依据微环境划分细胞亚群）。各CAF亚型展现出独特的空间分布模式、邻近细胞组成及互作网络。
这是经典的空间分析亚群的方法，我们来看看细节部分。
首先要做好基础的分析工作，并做好细胞注释。
接下来就是依据空间微环境识别空间亚群。
我们来实现这个方法，需要设置以下的参数
- 1、输入文件h5ad,做好基础 + 注释。
- 2、设置目标细胞类型（文章是CAFs）
- 3、指定邻域的范围（文章是80um）
- 4、指定NMF分析的k值（文章为5）
- 5、指定leiden聚类的resolution参数（文章为0.1）
