TCGA lncRNA的提取
2018-09-26 本文已影响305人
一路向前_莫问前程_前程似锦
gdcRNAtools是按照大类来分的，返回的对象那个里面的lncRNA就是lncRNA
，一般的lncRNA我们可以按照gene_biotype 分为下面这些，进行提取就行了
3prime_overlapping_ncRNA
antisense_RNA
bidirectional_promoter_lncRNA
lincRNA
macro_lncRNA
non_coding
processed_transcript
sense_intronic
sense_overlapping
gdcRNAtools找差异
DEGAll <- gdcDEAnalysis(counts = new_expMatrix,
group = metaMatrix.RNA$sample_type,
comparison = 'PrimaryTumor-SolidTissueNormal',
method = 'edgeR',
n.cores = 7)
table(DEGAll$group)
image.png
因为中间有过滤参数，才会出现56830变为15319
image.png
