生信小白如何画出美美的SeqLogo图
2022-11-23 本文已影响0人
生信漫谈
画出美美的SeqLogo图，下面介绍三种不同的方法，适用不同的人群的需求。
1、直接上在线绘制SeqLogo图的网站WebLogo 3：
https://weblogo.threeplusone.com/create.cgi
image.png
image.png
上面是网站的一些事例子文件，现在打开网页：
image.png
点击上面的红色圈圈创建，在空白窗口输入SeqLogo图的序列，这些序列一般是通过chip-seq，或者其他网站预测得到的序列。以下用该网站的Catobolite Activator Protein (CAP)的序列进行绘图：
image.png
>Q9EXQ1/196-227
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVL
>Q46158/72-92
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q46157/72-92
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q46159/72-92
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>Q47948/72-92
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR-----------
>FNR_HAEIN/196-227
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVI
>ETRA_SHEPU/193-224
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGLI
>FNR_SALTY/193-224
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
>Q9LA24/207-238
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
>Q9AQ50/193-224
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
>FNR_ECOLI/193-224
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML
>HLYX_ACTPL/192-223
LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
>O31204/192-223
LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
>Q9L801/192-223
LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI
>Q9KS27/193-224
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSEIL
>Q9CMY2/212-243
LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRLQKMGIL
>Q44500/188-219
LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFSRFQQNELI
>ANR_PSEAE/188-219
LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLI
>O85222/188-219
LSMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNELI
>FNRA_PSEST/188-219
LPMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLL
>BTR_BORPE/186-217
VRMS.-REEIGNYLGLTLETVSRLFSRFGREGLI
>Q9JQQ8/187-218
LRMS.-REEIGSYLGLKLETVSRTLSKFHQEGLI
>O69245/180-211
LPMC.-RRDIGDYLGLTLETVSRALSQLHTQGIL
>Q9AMR4/161-192
LPMS.-RRDIADYLGLTVETVSRAVSQLHTDGVL
>FIXK_BRAJA/185-216
LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRTFTKLERHGAI
>AADR_RHOPA/187-218
LPMG.-RQDIADFLGLTIETVSRTFTKLEREKLI
>FIXK_RHIME/159-190
LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRVVTKLKERSLI
>FIXK_AZOCA/196-227
LAMS.-RQDIADFLGLTIETVSRTLTYLEEQGTI
>Q9AA54/164-195
VPMS.-RQDMADYLGLTIETVSRTLTSLQDEGLI
>Q988V4/163-194
LPMS.-RMDIGDYLGLTIETVSRVFTRLKDKGVI
>Q53170/175-206
LPMT.-RLDVADYLGMTIETVSRTITKLAGSGVI
>Q989I4/189-220
LPLT.-RADISDFLGLTNETVSRQLTRLRADGVI
>Q988R0/189-220
LPLT.-RADIADFLGLTIETVSRQLTRLRTDGLI
>O06655/187-218
LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRKLTKLRKSGVI
>O86069/185-216
LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQLTRLRKEGVI
>O86067/187-218
LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKWGVI
>Q52775/187-218
LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKSGVI
>FX24_RHILV/187-218
LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKIGVI
>FNRL_RHOSH/187-218
LPLT.-REEMADYLGLTLETVSRQVSALKRDGVI
>Q51677/188-219
LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKREGVI
>O33961/187-218
LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKRDGVI
>O87372/155-185
-SIS.-RADMADFLGLTTETVSRLLSAFHREQLI
>P95599/188-221
LRVSmNRQDIADHLGLTIETLAHTVTKLASRNIV
>Q52823/185-216
VPMS.-RQDIADHLGLTIETVSRTLTKLASRNVV
>Q9FDG3/192-223
VPMN.-RQDIADHLGLTIETVSRTITKLAARNIV
>O84975/207-238
LRMS.-REDIASYLGLRLETVCRSVARLRAQDVV
>Q53240/186-217
FPIT.-RQNISEMTGTTLHTVSRLLSAWEREGIV
>O52578/162-191
--IS.-RQDIAEMTGTTLHTVSRILSAWEQLGFV
>Q9KWP8/153-184
FPIT.-KQDIAEMTGTTLHTVSRILTGWEAQGFV
>O66781/189-220
LPLT.-RQDIAEMTGTTVETTIRVMSKWKKQGII
>Q982N1/28-58
-PIA.-RGEIASRVGLTVQTVSTIVRELEEQGYI
>P96094/179-210
LPAK.-KAMIAARLGLTPETFSRVLKRLREEHLI
>FLP_LACCA/168-199
VPMA.-WTQLADYLGTTPETVSRTLKRLAEEKLI
>Q97IX9/173-206
INMElSITYLADMLGSKRETVSRQLKLLTEKNLV
>Q9CE44/171-202
IPMK.-LKELANYIGTSPETISRKIKVFEENKII
>Q9S392/178-209
IPMK.-MKDLATFIGTTPETISRKFKILEEKGFI
>Q9S393/178-209
IPMT.-LKDLSAFIGTTPETISRKLRLLEEKGLV
>Q98GX3/209-240
LPLS.-QAELADVLGLSVVHMNRVIGALRKVGVV
>Q9XDD3/182-213
CPLT.-QGELADALGLTPIHINRMLRELREDNLL
>NTCA_ANASP/172-203
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREKKMI
>NTCA_SYNP7/171-202
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRESKLI
>NTCA_SYNY3/174-205
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREGNMI
>P94611/175-206
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQEEMI
>Q9L627/170-201
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDEMI
>Q9AG80/172-203
LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDKMI
>O30778/173-204
LRLS.-HQAIAEAIGSTRVTITRLLGDLRNSGLV
>Q9KI45/189-220
FPLT.-HAQIGSAIGSTRVTVTRLMGKLRQRGLI
>CYSR_SYNP7/152-183
IPLT.-HQVIAELSGSTRVTTTRLLGEFRQAGRI
>CYSR_SYNY3/160-191
VRLT.-HQMLANAIGTTRVTVTRLLGEFQTQGKV
>Q55322/177-208
LRLT.-HQEMASALSTTRVTVTRVIGLLRDEGWL
>Q9RTV7/201-231
-RIS.-HQDLAHSVGSTRETITKLLGDFRTRGLL
>Q9TLZ6/157-188
IYIS.-QHDIASILSTTRSTITRLINQLRKDNII
>FNR_BACSU/174-205
IVLT.-NQDLAKFCAAARESVNRMLGDLRKKGVI
>O86128/173-204
IVLT.-NQDLAKFCAAARESINRMLSDLRKNGVI
>Q9KG81/173-204
IVLT.-NQELANFCAAARESVNRMLGELRKLGVI
>CRP_PASMU/165-196
IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI
>Q48301/170-201
IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI
>CRP_HAEIN/180-211
IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDQNLI
>Q51859/180-211
IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDEGLI
>Q9F435/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGHILKMLEDQNLI
>CRP_ECOLI/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
>CRP_SALTY/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
>O07097/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI
>Q9ALY5/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
>O34015/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
>Q9KNW6/166-197
IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI
>CLP_XANCP/186-217
LRVS.-RQELARLVGCCAQMAGRVLKKLQADGLL
>Q9PD39/185-216
LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL
>Q9S6B5/186-217
LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL
>P71977/33-62
--LS.-QAEIGERVGMARSTVSRILNALEDEGLV
>O28174/36-67
VKIS.-SKELAEHIGQSLQTAARKLKELEDEGLI
>Q9CB91/174-204
-DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI
>O69644/174-204
-DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI
>Q9XA42/174-204
-DLT.-QEELAQLVGASRETVNKALADFAQRGWL
>Q97TL8/136-167
INCT.-HEDIGKAVGVSRVTVSRTLNKFSQYQWI
>Q99YT6/175-206
FQLT.-TTDIAQISGTTRETVSHVLRDLKKQELI
>Q9RRX0/176-209
LNLKlNQEDIARMVGATRETVSHSLSRLKKGGAI
>Q9K5F3/178-209
CPIT.-AAEIAKISGTSRETVSAVLKKLRCEGVI
>P73234/185-215
-NLP.-HRETAMLSGVTRETVTRTLGKLEKKGLI
>P74171/182-212
-NLP.-HRELSSISGLARETVTRCLTKLEKRGLI
>Q981X4/78-109
AKVT.-HDQIAAMVGSTRQWVTMMMKRFQKEGLV
image.png
勾选右边的Download to local drive，标题名字，序列的bar都可以自行选择，图片的输出格式有png，PDF，可以根据自己的选择进行下载就行。
image.png
2、第二种方式是利用Tbtools软件进行SeqLogo图的绘制，打开软件找到SeqLogo绘制模块，利用软件提供的示例文件进行绘图展示：
image.png
点击开始，保存图片即可，也是有多种输出格式可以进行选择。
image.png
3、第三种就是用R包motifStack进行绘制：
BiocManager::install("motifStack")
library("motifStack")
pcm <- read.table("input.pcm")
pcm <- pcm[,2:ncol(pcm)]
rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")
motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")
## 生成图形
plot(motif)
示例文件input.pcm格式如下：
A 3 3 0 3 2 2 3 1 0 1
C 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0
G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 0 3 0 1 0 0 1 2 1
image.png
以上三种方法亲测有效，大家根据自己需求进行绘图，祝大家科研少走弯路，早日发paper！
image
生信漫谈
生信漫谈，认识生信，学习生信，跨越生信入门路上的障碍，从而利用生信技术解决科研学习路上的绊脚石！
