HPA数据库概要（Human Protein Atlas）

HPA数据库（Human Protein Atlas）是基于蛋白组学,转录组学以及系统生物学数据，可以绘制组织、细胞、器官等图谱。不仅收录了肿瘤组织，也涵盖了正常组织的蛋白表达情况，而且还可以查阅肿瘤患者的生存曲线。

接下来，我们进一步了解该数据库的细节。

网址：https://www.proteinatlas.org

整个界面还是比较清爽的，SEARCH栏中我们可以搜索想要查的基因或蛋白信息。

在Fields可以进一步限定检索范围，包括GENE INFO，DATA RELIABLITY，ANTIBODY VALIDATION，PRIMARY DATA，PROTEIN ENVIDENCE，EXTRA。

接下来，我们以CDK1为例，有对该基因的描述，以及证据等级，以及各种图谱结果（tissue, Cell type, Pathology, Brain, Cell）。我们发现每个图谱都有圆形标示，圆形表明证据级别最高（enhanced），其次3/4（supported）,1/2(approved),1/4(uncertain)。

我们以CDK1为例，点击CDK1，则显示其蛋白信息，基因名称，组织特异性，细胞特异性，血液特异性，脑组织中特异性，在肿瘤中诊断价值，预测位置，亚细胞概要以及蛋白功能，分子功能，生物学过程，相关级别，ligand，以及基因概要。

继续下拉到底部，主要包括六种图谱，分别是Tissue atlas，Single cell type atlas, Pathology atlas, Brain atlas, Blood atlas, Cell atlas。

TISSUE ATLAS：涵盖了一般信息（基因名称，描述，蛋白分类，预测位置，转录本数目），蛋白图谱信息（RNA表达组织特异性，RNA表达组织分布，蛋白证据等级，蛋白表达定位），免疫组化数据可靠性（数据可靠性，评分，相应抗体）。RNA和蛋白表达图谱，按照人体器官分布，左侧显示的是RNA表达，右侧是蛋白的表达。

在Tissue atlas中，蛋白表达概要中显示在不同器官中表达水平，想查阅哪部位则点击相应部位，如我们查看CDK1蛋白在肺中表达情况，我们则需点击Lung那条柱。

而查阅RNA表达水平，HPA提供了三个转录组学数据，分别是HPA，GTEx,和Consensus。

CELL type Atlas:跟Tissue Atlas前面类似，存在general information, Human protein atlas information, single cell types以及single cell tissue。另外也可以查阅在细胞系中表达情况。

Pathology Atlas：前面类似，包含general information, Human protein atlas information，增加了免疫组化信息，如数据可靠性，证据等级及相关抗体。在Pathology Atlas，可以看到该项目在不同肿瘤预后概要，通过颜色区分，粉红色为高表达，蓝色为低表达，两组预后生存率是否存在差异。另外也关联了该基因在TCGA数据库中信息，在不同肿瘤中RNA表达情况。

在不同肿瘤中蛋白表达情况（免疫组化结果），以及采用不同抗体表达情况。我们点击Protein Expression中某一个cancer,我们可以查阅到该疾病患者生存情况以及疾病分期。每个图谱都有相应注释，包含Dead，Alive，Density dead，Densityalive，Density deadunder cut off, Density dead over cut off。继续下拉，我们可以查看到具体某一病例免疫组化结果。

我们可以用同样方法，去查询在brain 和blood atlas。Brain Atlas包含了在human和mouse两个物种的图谱。相应数据来源有四个数据库，分别为HPA，GTEx, Consensus和Fantom5。在Blood Atlas，数据来源于HPA,，Consensus，Monaco，Schmiedel。

我们可以通过HPA去查询我们想要的数据。去寻找在肿瘤组织以及正常组织中差异表达。