MSTmap：遗传图谱分析软件

一、MSTmap软件介绍

MSTmap有网页版、Linux版两个版本：

在线网页版本：http://www.mstmap.org/

网页版

Linux版本：http://www.mstmap.org/MSTMap.source.tar.gz

下载后解压，make后生成MSTmap；chmod 755 MSTmap 给执行权限；用法：MSTmap example.txt output.txt

MSTmap可用于BC、DH、RIL系群体遗传图谱构建。

二、软件运行

网页版比较简单，首行为locus_name+样本名称。第二行及之后为Marker名称＋基因型即可（a,b,-的含义可以百度一下。。。）

网页版输入文件

输出为map_file_*.txt（*号为运行时系统时间），mk开头的即为遗传距离信息~

网页版输出文件

linux版输入文件比网页版的多了一些信息：

linux版输入文件

几个重要的参数：

population_type  群体类型（DH与BC统一用DH，RIL群体需要加上自交代数，RIL4、RIL5......）

distance_function 构图函数，默认kosambi

missing_threshold 标记缺失虑（范围0~1，若设为0.25，则缺失虑高于25%的位点将会被去掉）

number_of_loci 标记数量

number_of_individual 样本数量

运行完成后的输出文件与网页版的格式一致。