IGV载入bam后出错怎么办？
2020-02-16 本文已影响0人
刘小泽
刘小泽写于2020.2.16
虽然是一个小问题，但也不能慌
关于IGV的介绍
之前写过几篇：
- 必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)(一)
- 必备可视化Integrative Genomic Viewer(IGV)(二)
- 2019意犹未尽的基因组可视化IGV（一）
- 2019意犹未尽的基因组可视化IGV（二）
- 勇敢跳进igv安装的坑
- IGV加载很久很烦人？三步帮你解决！
目前，官网更新到了2.8.x版本
问题来源
先做一个测试的小bam文件
先将bam文件进行sort
samtools sort -@ 4 -o test.sort.bam test.bam
然后只要它的1号染色体
samtools view -h test.sort.bam chr1 | samtools view -Sb - > test.small.bam
最后构建索引
samtools index test.small.bam
把bam同.bai一起导出来
将bam放入IGV中，一开始是没有问题的
image
但当放大想查看具体的比对结果时，出现了：
image
应急方法
这其实就是索引文件的问题，怎么办？不要惊慌，其实也不需要去服务器重新做一遍索引、再导出，我们直接利用IGV自带的igvtools工具就好了，先能完成任务即可
在Tools =》 Run igvtools， 然后选择Index ，并且指定好文件的位置
关于这个位置信息：不要手动输入，这样可能会输错。
windows利用我的电脑中显示的的文件链接：
image
mac可以直接把文件拖进terminal，路径会立刻出来：
image
然后运行即可：
image
之后利用它构建的index，bam文件就能顺利加载进来啦
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