PGCGAP：一款易上手的原核生物基因组及比较基因组学分析管道

        PGCGAP是用于原核生物基因组学和比较基因组学分析管道，该管道包含10个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxford reads或PacBio reads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释，并可以进行比较基因组学分析，包括构建单拷贝核心蛋白进化树以及单拷贝核心基因SNPs进化树，泛基因组分析，全基因组平均核苷酸一致性（ANI）计算，同源蛋白家族聚类，COG注释，SNPs和INDELs calling，抗生素抗性基因预测。该管道可以通过conda实现一键安装，现已更新至V1.0.12。

相关链接：

Github：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap

英文网页：https://liaochenlanruo.hzaubmb.org/pgcgap/

中文网页：https://liaochenlanruo.hzaubmb.org/2019/04/28/PGCGAP

生信平台搭建方法及PGCGAP手把手教学：https://dx.doi.org/10.21203/rs.2.21224/v1

管道配套生信入门学习网页

英文版：https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap/wiki

中文版：https://liaochenlanruo.hzaubmb.org/2019/11/01/Linux%E5%92%8C%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%8A%80%E6%9C%AF%E5%88%9D%E8%AF%86/

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