赵国屏生物信息课题组及成员简介

成立于2016年7月，赵国屏生物信息实验室目前主要从事人群微生物组，微生物基因组进化和临床微生物流行病学的生物信息学分析，包括基因组数据的管理、基因组的比较和进化分析、微生物组数据的机器学习和微生物流行病学模型的应用。

基因组进化和临床微生物流行病学的生物信息学分析，包括基因组数据的管理、基因组的比较和进化分析、微生物组数据的机器学习和微生物流行病学模型的应用。

课题组负责人周豪魁，男，1982年9月生。参与发表SCI文章十余篇，第一作者共计3篇。

• 2006年于上海交通大学获得生物信息学学士学位，其后在上海交通大学微生物分子生态与生态基因组学实验室参加肠道微生物组的研究工作。

• 2007年至2008年在上海生命科学院植物生理生态研究所参与环境宏基因组和能源微生物基因组挖掘的工作。

• 2009年至2014年师从中国科学院院士赵国屏，于香港中文大学医学院微生物系获得博士学位。博士期间完成结核分枝杆菌的基因组进化和致病性进化的研究工作。随后留校任为期2年的博士后工作。期间参与了结直肠癌的微生物组研究。

• 2016年7月在中国科学院深圳先进技术研究院生物医药与技术研究所合成生物学工程研究中心组建赵国屏院士生物信息课题组。致力于大规模人群肠道微生物组的数据挖掘和人群健康的研究。

课题组博士后，助理研究员罗明晶，女，2016年毕业于香港中文大学，主修微生物学。

• 2010年于吉林大学获得动物医学学士学位，其后在吉林大学兽医药理系邓旭明教授研究组学习，并于2012年获得兽医硕士学位。

• 硕士毕业后加入香港中文大学微生物叶碧瑶教授研究组，并于2016年获得博士学位。目前主要从事肠道微生物与疾病诊断相关研究。

课题组成员廖天华，男，2016年毕业于中山大学，主修化学生物学。

• 2016年7月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组

• 承担NGS二代测序数据的完整分析流程，从原始数据的质量控制到数据的整理与报告；协助设计并且独立编写了全套的可监控、具任务管理功能的癌症病人的SNV突变分析流程。

• 参与并承担了使用包含转录组、代谢组、基因组、肠道微生物组等多组学技术进行的接受免疫治疗的癌症病人的课题中部分生物信息分析工作。

• 熟练使用Python、Shell，使用JavaScript独立编写前端页面，具有多种数据可视化的经验。有处理大样本数据经验，独立编写过特征提取、机器学习等相应脚本。

课题组成员吴宇骞，男，2016年毕业于香港中文大学，主修微生物学。

• 2016年8月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组

• 探究基于图论的细菌泛基因组分析算法；整理归纳微生物基因组拼接比对流程；分析乙肝病毒样品准种分布； 熟练掌握分子流行病学的数据分析模式，包括菌株的序列分型和鉴定，序列型和表型的关联分析

• 熟悉python, bash, R等工具，并用于进行生物信息学分析

课题组成员高焕升，男，2017年毕业于深圳大学，主修信息工程学。

• 2016年8月在中国科学院深圳先进技术研究院作为实习生加入赵国屏院士生物信息课题组

• 具有扎实的计算机基础、数据结构及算法相关技能，有独立开发使用flask和D3搭建的小型web项目的经验。

• 主要负责基因组数据可视化网页应用的开发， 使用Flask开发后端， js和D3 进行基因组数据的可视化和交互开发。前后端的数据传输使用RESTful API设计传输，项目使用Git进行版本管理。

• 负责服务器的日常运营和管理。

• 独立进行前端的搭建， 熟练掌握H5前端开发，精通jQuery。熟练掌握flask后台开发的技术，并具有独立开发的经验。掌握TCP/IP网络协议， 使用python进行网络编程。D3数据可视化熟练操作。

课题组成员邱培健，男，2017年毕业于深圳大学，主修信息工程学。

• 2016年8月在中国科学院深圳先进技术研究院作为实习生加入赵国屏院士生物信息课题组

• 具有扎实的计算机基础、数据结构及算法相关技能，

• 具有对软件进行迭代测试，性能测试，对后台交互数据抓包测试分析的经验，上交测试报告，并使用python编写自动化测试脚本

• 熟练掌握Java编程，PHP开发，Html/css/js。掌握python编程。

课题组成员陈硕，女，2016年毕业于香港中文大学，主修流行病与生物统计学。

• 2017年3月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组

• 预防医学专业，医疗及公共卫生相关机构的学习及工作背景，具有综合医院临床实习经验；参与并负责整个公共卫生项目，从设计、实施、质控、数据收集、数据分析、整合结果并报告工作的经验。

• 负责参与医院合作相关的项目设计、可行性报告的撰写、查阅并整合相关文献。

• 熟悉R、python工具，并用于微生物16s数据分析。

课题组成员陈雪琛，女，2018年毕业于中山大学，主修营养与食品卫生学。

• 2018年8月在中国科学院深圳先进技术研究院加入赵国屏院士生物信息课题组

• 预防医学背景，医疗及公共卫生相关机构的学习及工作背景，具有综合医院临床实习经验；参与2015-2017年广东冠心病队列研究，使用SAS等统计软件更新数据库及分析识别冠心病风险因子。

• 参与完成血清成分检测，冠心病人血液指标检测等操作。以第一作者发表论文两篇。

• 熟练掌握Epidata, R编程。

课题组客座学生杨兮兰，女，深圳大学15级学生，主修统计学。

• 2018年5月在中国科学院深圳先进技术研究院作为客座学生加入赵国屏院士生物信息课题组

• 具有使用matlab进行定位算法变成及仿真实验的项目经验，具有根据科学问题建立数学模型的项目经验。

• 熟练掌握R编程，熟悉python