镜像设置

1. 编辑文件file.edit('~/.Rprofile')
2. 设置镜像options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))清华源
   options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
   中科大源
   保存重启
3. 查询 options()BioC_mirror

安装加载

install.packages("dplyr")
library(dplyr)
install.packages(“包”)/BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor

dplyr的五个基础函数

mutate(test, new= Sepal.Length*Sepal.Width)
#新建列
select(test,1)
#按列号筛选第一列
select(test,c(1,5))
#筛选第1，5列
select(test,Sepal.Length)
#按列名筛选
select(test,Petal.Length,Petal.Width)
vars<-c("Petal.Length","Petal.Width")
select(test,one_of(vars))
#筛选这两列中所有的向量
filter(test, Species=="setosa")
#筛选行
filter(test, Species=="setosa"&Sepal.Length>5)
#筛选行，并且向量大于5
filter(test, Species%in%c("setosa","versicolor"))
#筛选这两行，并不是行名哦
arrange(test,Sepal.Length)
#按这一列大小排序，从小到大
arrange(test,desc(Sepal.Length))
#desc来从大到小
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
#计算这列的平均值和标准差
summarise(group_by(test, Species), mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
#按照species来分组，计算每组SL的平均数和标准差

dplyr两个实用技能

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr+shift+m)
   test %>%
   group_by(Species)%>%
   summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
2. count统计某列的unique值
   count(test,Species)

dplyr处理关系数据

• 内连 inner_join 取交集
• 左连 left_join(test1,test2,by='x')
• 全连 full_join(test1,test2,by='x')
• 半连接 semi_join(x=test1, y=test2, by='x') 返回能够与y匹配的x
• 反连接 anti_join(x=test1, y=test2, by='x') 返回不能与y匹配的x
• 简单合并 bind_row(test1,test2) 合并行，要求列数相同
  bind-col(test1,test2) 合并列，要求行数相同